More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1152 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
366 aa  744    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  79.78 
 
 
365 aa  598  1e-170  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.765563  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  79.23 
 
 
365 aa  593  1e-168  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.467708  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0688  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  78.42 
 
 
365 aa  590  1e-167  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0990  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.59 
 
 
365 aa  531  1e-150  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.48 
 
 
363 aa  489  1e-137  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.84 
 
 
365 aa  487  1e-136  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.119075  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0240  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.05 
 
 
367 aa  460  9.999999999999999e-129  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1445  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.44 
 
 
365 aa  442  1e-123  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0181667  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.25 
 
 
370 aa  416  9.999999999999999e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0240606  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.75 
 
 
376 aa  275  7e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.56 
 
 
378 aa  272  5.000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.8 
 
 
392 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.42 
 
 
385 aa  268  8e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.67 
 
 
379 aa  266  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.93 
 
 
379 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.34 
 
 
377 aa  260  2e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.41 
 
 
375 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.92 
 
 
378 aa  255  8e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.13 
 
 
401 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.62 
 
 
377 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.41 
 
 
398 aa  253  4.0000000000000004e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.97 
 
 
385 aa  253  5.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2051  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.87 
 
 
379 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6045  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.13 
 
 
379 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.790399  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2032  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.13 
 
 
379 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460385  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.39 
 
 
375 aa  250  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.6 
 
 
379 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1933  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.87 
 
 
379 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.55211 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.42 
 
 
378 aa  249  4e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.87 
 
 
379 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.87 
 
 
379 aa  249  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.87 
 
 
383 aa  249  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.49 
 
 
382 aa  247  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.93 
 
 
375 aa  247  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.42 
 
 
383 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.87 
 
 
379 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.87 
 
 
379 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.49 
 
 
382 aa  247  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.74 
 
 
375 aa  247  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2596  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.6 
 
 
383 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.2 
 
 
376 aa  246  6e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.6 
 
 
379 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.6 
 
 
379 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.13 
 
 
391 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2793  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.29 
 
 
377 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.368215 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.6 
 
 
379 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.6 
 
 
379 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.39 
 
 
391 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.98 
 
 
371 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.81 
 
 
387 aa  245  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.94 
 
 
386 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.93 
 
 
375 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.02 
 
 
374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.02 
 
 
374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.63 
 
 
377 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.46 
 
 
375 aa  243  5e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.5 
 
 
381 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.5 
 
 
381 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.43 
 
 
375 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.4 
 
 
407 aa  241  1e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.15 
 
 
386 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.34 
 
 
401 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0095  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.83 
 
 
377 aa  241  2e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.24 
 
 
381 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.17 
 
 
407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.92 
 
 
402 aa  239  5e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.17 
 
 
375 aa  239  5e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  239  6.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.47 
 
 
386 aa  238  8e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  238  9e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  238  9e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  36.66 
 
 
375 aa  238  9e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  238  9e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  238  9e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  238  9e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  238  9e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  238  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  238  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.37 
 
 
376 aa  237  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.39 
 
 
375 aa  237  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.66 
 
 
375 aa  237  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.47 
 
 
376 aa  237  3e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.84 
 
 
383 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.73 
 
 
383 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  34.76 
 
 
375 aa  236  6e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.12 
 
 
375 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.12 
 
 
375 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.12 
 
 
375 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.12 
 
 
375 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.12 
 
 
375 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.43 
 
 
383 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.66 
 
 
377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.47 
 
 
383 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.87 
 
 
380 aa  234  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.9 
 
 
382 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.9 
 
 
376 aa  233  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.19 
 
 
388 aa  233  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.39 
 
 
382 aa  232  6e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.02 
 
 
376 aa  233  6e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>