More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1160 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
369 aa  736    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.49 
 
 
366 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.49 
 
 
366 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.49 
 
 
366 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.67 
 
 
364 aa  471  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.49 
 
 
354 aa  471  1e-132  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.21 
 
 
354 aa  470  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  68.12 
 
 
354 aa  468  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  65.76 
 
 
367 aa  462  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.26 
 
 
358 aa  414  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.74 
 
 
359 aa  412  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.68 
 
 
358 aa  404  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.15 
 
 
354 aa  394  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.18 
 
 
357 aa  392  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.45 
 
 
357 aa  390  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.08 
 
 
375 aa  385  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.45 
 
 
371 aa  379  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.28 
 
 
354 aa  374  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.23 
 
 
356 aa  370  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.45 
 
 
371 aa  370  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.77 
 
 
354 aa  365  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.91 
 
 
359 aa  367  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.66 
 
 
376 aa  358  6e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.88 
 
 
394 aa  357  2.9999999999999997e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.08 
 
 
351 aa  355  5.999999999999999e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.64 
 
 
353 aa  354  1e-96  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.48 
 
 
371 aa  350  3e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.32 
 
 
370 aa  348  1e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  53.55 
 
 
353 aa  344  2e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.03 
 
 
359 aa  342  4e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.07 
 
 
378 aa  336  2.9999999999999997e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.4 
 
 
374 aa  336  3.9999999999999995e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.87 
 
 
378 aa  324  1e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.43 
 
 
397 aa  318  1e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.68 
 
 
378 aa  318  1e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.75 
 
 
401 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.44 
 
 
354 aa  211  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  40.77 
 
 
344 aa  209  7e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  33.06 
 
 
356 aa  203  3e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.58 
 
 
361 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  36.46 
 
 
368 aa  182  7e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
368 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.56 
 
 
368 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.19 
 
 
368 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  29.73 
 
 
368 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.17 
 
 
391 aa  89.7  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  27.93 
 
 
365 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.59 
 
 
389 aa  87.4  3e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.92 
 
 
391 aa  87  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0255  peptidase M20  27.42 
 
 
402 aa  86.3  8e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.55 
 
 
377 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.56 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0769  acetylornithine deacetylase  27.49 
 
 
386 aa  82.8  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.811427 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1646  peptidase  25.51 
 
 
401 aa  82.4  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.017723 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1014  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.39 
 
 
393 aa  82  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00488739 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2044  acetylornithine deacetylase  27.58 
 
 
392 aa  81.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.234319  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2580  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.03 
 
 
357 aa  82  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.13 
 
 
378 aa  81.6  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  30 
 
 
385 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1500  peptidase  26.95 
 
 
394 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  28.57 
 
 
375 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  29.91 
 
 
446 aa  80.5  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.27 
 
 
375 aa  80.1  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.67 
 
 
383 aa  79.7  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.57 
 
 
385 aa  79.7  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4203  peptidase M20  26.89 
 
 
360 aa  78.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0267175  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.32 
 
 
398 aa  79  0.0000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.52 
 
 
397 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.7 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.64 
 
 
425 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6551  peptidase M20  25.63 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  29.35 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.41 
 
 
383 aa  78.6  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.84 
 
 
387 aa  78.6  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.86 
 
 
376 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0573  acetylornithine deacetylase  28.4 
 
 
386 aa  77  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.280832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.36 
 
 
404 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0789  peptidase M20  30.14 
 
 
381 aa  76.6  0.0000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.81 
 
 
391 aa  76.6  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.65 
 
 
400 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.17 
 
 
381 aa  76.3  0.0000000000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.65 
 
 
376 aa  76.3  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  30.13 
 
 
389 aa  76.3  0.0000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1267  peptidase  25.55 
 
 
394 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.92 
 
 
375 aa  76.3  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05749  putative acetylornithine deacetylase (Eurofung)  26.96 
 
 
424 aa  75.5  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0187608 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3428  peptidase M20  26.32 
 
 
356 aa  75.9  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00953913  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0027  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  27.08 
 
 
355 aa  75.9  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.81 
 
 
400 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.93 
 
 
391 aa  75.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4404  acetylornithine deacetylase  28.95 
 
 
383 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.268381 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.42 
 
 
375 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  27.54 
 
 
364 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3515  peptidase M20  29.38 
 
 
377 aa  75.9  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5417  acetylornithine deacetylase  28.42 
 
 
383 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.42 
 
 
375 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.42 
 
 
375 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2313  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.02 
 
 
389 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0897692 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0776  acetyl-lysine deacetylase  28.57 
 
 
351 aa  74.7  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.689856 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.48 
 
 
426 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>