More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6551 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6551  peptidase M20  100 
 
 
354 aa  739    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4203  peptidase M20  62.99 
 
 
360 aa  474  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0267175  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4431  peptidase dimerisation domain protein  60.97 
 
 
361 aa  462  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0204618  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0306  peptidase M20  63.61 
 
 
360 aa  458  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3087  acetylornithine deacetylase  60.97 
 
 
354 aa  454  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3428  peptidase M20  55.3 
 
 
356 aa  423  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00953913  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  34.65 
 
 
368 aa  205  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.92 
 
 
356 aa  110  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.8 
 
 
377 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.06 
 
 
384 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2123  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.61 
 
 
379 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.59 
 
 
376 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.86 
 
 
381 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.86 
 
 
381 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.53 
 
 
377 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.6 
 
 
381 aa  102  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3179  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.45 
 
 
399 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0449668  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2367  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.44 
 
 
380 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0319493  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1992  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.44 
 
 
380 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000000073122 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.58 
 
 
387 aa  100  4e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.12 
 
 
386 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2470  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.18 
 
 
380 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847211  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  24.73 
 
 
380 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.54 
 
 
380 aa  99.8  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.473063  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.67 
 
 
388 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.49 
 
 
378 aa  99  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.41 
 
 
377 aa  99  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3463  acetylornithine deacetylase  26.87 
 
 
388 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.945504 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.33 
 
 
403 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.24 
 
 
376 aa  97.4  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  27.47 
 
 
374 aa  97.1  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.98 
 
 
381 aa  97.1  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.93 
 
 
376 aa  97.4  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.4 
 
 
378 aa  97.1  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.65 
 
 
376 aa  96.7  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.8 
 
 
375 aa  96.7  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.79 
 
 
376 aa  97.1  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0710  peptidase  26.32 
 
 
394 aa  96.7  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00268178  normal  0.0281992 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.74 
 
 
382 aa  96.3  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.21 
 
 
378 aa  96.3  8e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.27 
 
 
376 aa  96.3  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3291  acetylornithine deacetylase  25.87 
 
 
383 aa  95.9  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.442946 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4229  peptidase M20  26.29 
 
 
397 aa  94.4  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.543782  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.33 
 
 
387 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.68 
 
 
380 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0287  peptidase M20  25.86 
 
 
373 aa  94.7  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2203  acetylornithine deacetylase  26.12 
 
 
386 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
376 aa  94.7  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  26.85 
 
 
393 aa  93.6  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.48 
 
 
377 aa  94  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.75 
 
 
376 aa  93.2  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.87 
 
 
378 aa  92.8  9e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.41 
 
 
404 aa  92.8  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0095  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
377 aa  92.4  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1267  peptidase  26.07 
 
 
394 aa  92  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.45 
 
 
375 aa  92  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.15 
 
 
385 aa  91.3  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3269  acetylornithine deacetylase  27.37 
 
 
382 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0376318 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.96 
 
 
398 aa  90.9  3e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.11 
 
 
371 aa  90.9  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.3 
 
 
402 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.87 
 
 
382 aa  90.1  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.5 
 
 
392 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.81 
 
 
391 aa  90.1  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  29.1 
 
 
412 aa  89.7  6e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0364  acetylornithine deacetylase  27.39 
 
 
388 aa  89.7  8e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.216461  normal  0.359815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3571  acetylornithine deacetylase  25.59 
 
 
391 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.06 
 
 
400 aa  89.4  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.81 
 
 
391 aa  89.4  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.64 
 
 
395 aa  89.4  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.22 
 
 
375 aa  88.6  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1676  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  27.67 
 
 
349 aa  88.6  2e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.791756  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2958  acetylornithine deacetylase  25.85 
 
 
386 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0155668  normal  0.435017 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.74 
 
 
390 aa  87.8  2e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6045  acetylornithine deacetylase  25.77 
 
 
389 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000725367  hitchhiker  0.0000370273 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2350  acetylornithine deacetylase  25.33 
 
 
386 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1040  peptidase dimerisation  25.63 
 
 
337 aa  88.6  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.108705  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.08 
 
 
377 aa  87.8  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.87 
 
 
396 aa  87.4  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5407  acetylornithine deacetylase  24.47 
 
 
387 aa  87.8  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532883  normal  0.0112485 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.69 
 
 
442 aa  87.8  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7082  acetylornithine deacetylase  25.46 
 
 
387 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0793838 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
387 aa  87  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2086  acetylornithine deacetylase  29.22 
 
 
405 aa  86.7  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.742076  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.76 
 
 
380 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.54 
 
 
378 aa  86.7  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.79 
 
 
391 aa  86.3  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.22 
 
 
383 aa  86.3  8e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.82 
 
 
374 aa  86.3  8e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.87 
 
 
377 aa  85.9  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.64 
 
 
375 aa  85.9  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2365  acetylornithine deacetylase  26.51 
 
 
387 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491069  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.64 
 
 
375 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.64 
 
 
375 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.64 
 
 
375 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1646  peptidase  23.02 
 
 
401 aa  85.9  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.017723 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.01 
 
 
374 aa  85.9  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.64 
 
 
375 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4537  peptidase  25.26 
 
 
386 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.468696  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.4 
 
 
375 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>