More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4301 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
367 aa  739    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  65.76 
 
 
369 aa  462  1e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.36 
 
 
366 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.74 
 
 
354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.36 
 
 
366 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.36 
 
 
366 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.43 
 
 
358 aa  442  1e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.59 
 
 
354 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.03 
 
 
359 aa  437  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.82 
 
 
354 aa  429  1e-119  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.89 
 
 
354 aa  429  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.82 
 
 
358 aa  426  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.97 
 
 
354 aa  423  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.48 
 
 
357 aa  421  1e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.77 
 
 
357 aa  420  1e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.97 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.29 
 
 
356 aa  417  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.46 
 
 
353 aa  412  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.26 
 
 
364 aa  403  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.79 
 
 
371 aa  403  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  58.12 
 
 
353 aa  397  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.14 
 
 
351 aa  392  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60 
 
 
359 aa  392  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.95 
 
 
375 aa  389  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.76 
 
 
376 aa  383  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.65 
 
 
371 aa  381  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.82 
 
 
378 aa  368  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.15 
 
 
374 aa  366  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.78 
 
 
359 aa  364  1e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.28 
 
 
371 aa  347  2e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.13 
 
 
394 aa  345  1e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.72 
 
 
378 aa  343  2e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.63 
 
 
370 aa  340  2e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.63 
 
 
397 aa  330  3e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.62 
 
 
378 aa  326  4.0000000000000003e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.5 
 
 
401 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.79 
 
 
356 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.95 
 
 
361 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  39.6 
 
 
344 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.44 
 
 
354 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.2 
 
 
368 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.35 
 
 
368 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.07 
 
 
368 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  37.82 
 
 
368 aa  192  8e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  32.03 
 
 
368 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  26.59 
 
 
364 aa  93.2  7e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1025  peptidase M20  29.24 
 
 
362 aa  92.4  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1296  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  26.55 
 
 
375 aa  90.5  4e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00178496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3650  acetylornithine deacetylase  28.17 
 
 
380 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0499881  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3515  peptidase M20  28.87 
 
 
377 aa  89  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  29.07 
 
 
365 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  28 
 
 
369 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.26 
 
 
378 aa  87.8  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  28.52 
 
 
378 aa  87.8  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2580  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.56 
 
 
357 aa  86.3  8e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  30.03 
 
 
389 aa  85.1  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.31 
 
 
398 aa  85.1  0.000000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1040  peptidase dimerisation  27.33 
 
 
337 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.108705  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0171  peptidase M20  25.21 
 
 
341 aa  84.3  0.000000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  28.46 
 
 
374 aa  84  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.13 
 
 
425 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0918  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.37 
 
 
377 aa  83.6  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  25.86 
 
 
379 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0948  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.92 
 
 
377 aa  82  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.62 
 
 
391 aa  82  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  29.67 
 
 
376 aa  82.4  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.96 
 
 
395 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4203  peptidase M20  25.98 
 
 
360 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0267175  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.34 
 
 
375 aa  81.6  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  27.81 
 
 
375 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3411  acetylornithine deacetylase  27.64 
 
 
406 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1646  peptidase  22.89 
 
 
401 aa  79.7  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.017723 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.64 
 
 
387 aa  79.7  0.00000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.05 
 
 
388 aa  79.7  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.93 
 
 
400 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.98 
 
 
386 aa  79.7  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.48 
 
 
391 aa  79.3  0.00000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.48 
 
 
391 aa  79.3  0.00000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1676  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  26.21 
 
 
349 aa  79.3  0.00000000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.791756  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.61 
 
 
383 aa  79.3  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1548  acetylornithine deacetylase  28.23 
 
 
410 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00376814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1544  acetylornithine deacetylase  30.39 
 
 
374 aa  79.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88458  normal  0.449301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3269  acetylornithine deacetylase  29.38 
 
 
382 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0376318 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.35 
 
 
386 aa  79.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.93 
 
 
377 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1635  peptidase M20  26.04 
 
 
400 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.419911  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.41 
 
 
400 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  29.56 
 
 
385 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.34 
 
 
413 aa  78.2  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.12 
 
 
399 aa  78.6  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.69 
 
 
388 aa  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  30.72 
 
 
374 aa  77.4  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0407  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.48 
 
 
392 aa  77  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5407  acetylornithine deacetylase  29.54 
 
 
387 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532883  normal  0.0112485 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2386  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.09 
 
 
402 aa  76.6  0.0000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.67 
 
 
383 aa  76.3  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0255  acetylornithine deacetylase  24.47 
 
 
383 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.48 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  26.86 
 
 
446 aa  75.5  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.48 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>