More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3315 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
364 aa  725    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.67 
 
 
369 aa  498  1e-140  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.27 
 
 
354 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.55 
 
 
366 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.55 
 
 
366 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.55 
 
 
366 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.55 
 
 
354 aa  474  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.11 
 
 
354 aa  473  1e-132  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.26 
 
 
367 aa  433  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.33 
 
 
358 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.89 
 
 
359 aa  404  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.39 
 
 
354 aa  394  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.99 
 
 
357 aa  387  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.38 
 
 
357 aa  386  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.17 
 
 
354 aa  387  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.31 
 
 
358 aa  381  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.69 
 
 
356 aa  379  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.43 
 
 
371 aa  371  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.08 
 
 
371 aa  367  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.94 
 
 
351 aa  364  1e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.08 
 
 
354 aa  362  4e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.4 
 
 
375 aa  355  1e-96  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.94 
 
 
353 aa  353  2e-96  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  55.65 
 
 
353 aa  351  1e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.99 
 
 
394 aa  348  8e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.94 
 
 
376 aa  348  1e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.97 
 
 
374 aa  347  2e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.97 
 
 
370 aa  346  3e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.81 
 
 
359 aa  346  4e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.07 
 
 
371 aa  343  4e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.85 
 
 
359 aa  339  4e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.77 
 
 
397 aa  326  4.0000000000000003e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.54 
 
 
378 aa  324  1e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.85 
 
 
378 aa  317  2e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.76 
 
 
378 aa  313  3.9999999999999997e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.09 
 
 
401 aa  297  2e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  41.53 
 
 
344 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  34.83 
 
 
356 aa  207  3e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  36.06 
 
 
368 aa  186  7e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.04 
 
 
354 aa  184  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.26 
 
 
361 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.64 
 
 
368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.87 
 
 
368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.46 
 
 
368 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  28.18 
 
 
365 aa  102  7e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  28.57 
 
 
368 aa  102  9e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.59 
 
 
379 aa  89  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1025  peptidase M20  30.75 
 
 
362 aa  87  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1014  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.59 
 
 
393 aa  86.3  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00488739 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1172  acetylornithine deacetylase  29.52 
 
 
384 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0275  acetylornithine deacetylase  29.81 
 
 
401 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141091  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.3 
 
 
378 aa  85.1  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1166  acetylornithine deacetylase  28.89 
 
 
384 aa  83.6  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2527  acetylornithine deacetylase  27.22 
 
 
403 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  hitchhiker  0.00344998 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1040  peptidase dimerisation  28.91 
 
 
337 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.108705  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.32 
 
 
387 aa  82.4  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.92 
 
 
389 aa  81.3  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3269  acetylornithine deacetylase  28.5 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0376318 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3695  acetylornithine deacetylase  30.65 
 
 
364 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  29.75 
 
 
375 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0260  peptidase  22.8 
 
 
394 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.32 
 
 
377 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  29.39 
 
 
404 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  29.14 
 
 
412 aa  80.5  0.00000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.7 
 
 
391 aa  80.1  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2580  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  29.95 
 
 
357 aa  80.1  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.7 
 
 
391 aa  80.1  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.71 
 
 
413 aa  79.7  0.00000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  27.37 
 
 
416 aa  79.7  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.31 
 
 
365 aa  79.3  0.00000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.765563  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1040  acetylornithine deacetylase (ArgE)  26.05 
 
 
392 aa  79.3  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.59 
 
 
398 aa  79  0.0000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3571  acetylornithine deacetylase  31.1 
 
 
391 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1296  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  25.28 
 
 
375 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00178496 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0407  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.01 
 
 
392 aa  78.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.32 
 
 
388 aa  78.2  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.31 
 
 
365 aa  77.4  0.0000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.467708  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3430  peptidase M20  30.59 
 
 
364 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0948  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.71 
 
 
377 aa  77.4  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  32.81 
 
 
374 aa  77.4  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2313  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.85 
 
 
389 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0897692 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.12 
 
 
385 aa  77  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05749  putative acetylornithine deacetylase (Eurofung)  28.19 
 
 
424 aa  76.6  0.0000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0187608 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.97 
 
 
391 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2203  acetylornithine deacetylase  31.1 
 
 
386 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.53 
 
 
383 aa  76.6  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.33 
 
 
395 aa  76.3  0.0000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3428  peptidase M20  25.53 
 
 
356 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00953913  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2101  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.44 
 
 
407 aa  75.5  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.239154  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1500  peptidase  22.92 
 
 
394 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.02 
 
 
383 aa  75.9  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0445  acetylornithine deacetylase  25.59 
 
 
390 aa  75.5  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  29.66 
 
 
446 aa  75.9  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3087  acetylornithine deacetylase  25.07 
 
 
354 aa  75.9  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.44 
 
 
407 aa  75.5  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.89 
 
 
400 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  26.22 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.58 
 
 
399 aa  74.7  0.000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3363  acetylornithine deacetylase  32.18 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.288283  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0268  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.18 
 
 
398 aa  74.7  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.305714  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>