More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1093 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 		 356 aa  697    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.39 
 
 		 376 aa  432  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.29 
 
 		 367 aa  429  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  67.51 
 
 		 359 aa  418  1e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.78 
 
 		 354 aa  416  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.89 
 
 		 358 aa  412  1e-114  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.32 
 
 		 354 aa  408  1e-113  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.02 
 
 		 354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.46 
 
 		 354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.36 
 
 		 354 aa  397  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.54 
 
 		 359 aa  393  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.5 
 
 		 366 aa  391  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.5 
 
 		 366 aa  391  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.5 
 
 		 366 aa  391  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.23 
 
 		 369 aa  379  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.65 
 
 		 357 aa  374  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  58.33 
 
 		 353 aa  370  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.51 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.46 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.85 
 
 		 358 aa  370  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.69 
 
 		 364 aa  365  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.45 
 
 		 351 aa  367  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.88 
 
 		 357 aa  363  2e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.95 
 
 		 375 aa  362  4e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.93 
 
 		 374 aa  355  5e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.78 
 
 		 371 aa  355  6.999999999999999e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.96 
 
 		 371 aa  352  7e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.06 
 
 		 359 aa  350  2e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.71 
 
 		 378 aa  349  4e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.29 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.72 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.62 
 
 		 397 aa  338  8e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.35 
 
 		 378 aa  333  3e-90  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.54 
 
 		 394 aa  328  7e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.76 
 
 		 370 aa  317  2e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.76 
 
 		 401 aa  289  4e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  34.56 
 
 		 356 aa  222  7e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.31 
 
 		 361 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.7 
 
 		 368 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.4 
 
 		 368 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 		 368 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.71 
 
 		 354 aa  201  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  42.77 
 
 		 344 aa  200  3e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  39.16 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  31.02 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  29.38 
 
 		 364 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  30.84 
 
 		 369 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.8 
 
 		 398 aa  100  5e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  31.81 
 
 		 368 aa  99.4  8e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1025  peptidase M20  31.94 
 
 		 362 aa  99  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  33.8 
 
 		 378 aa  96.7  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.77 
 
 		 395 aa  95.9  1e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.03 
 
 		 387 aa  94.4  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.4 
 
 		 388 aa  92.8  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.43 
 
 		 400 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.07 
 
 		 399 aa  91.3  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  33.86 
 
 		 374 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.15 
 
 		 400 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0573  acetylornithine deacetylase  32.26 
 
 		 386 aa  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.280832  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  30.12 
 
 		 404 aa  90.1  6e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.65 
 
 		 399 aa  89  1e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  30.11 
 
 		 380 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1172  acetylornithine deacetylase  27.66 
 
 		 384 aa  86.7  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  29.02 
 
 		 416 aa  87  5e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  26.45 
 
 		 379 aa  86.7  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  28.12 
 
 		 446 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3695  acetylornithine deacetylase  33.44 
 
 		 364 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1267  peptidase  25.31 
 
 		 394 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.63 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3310  acetyl-lysine deacetylase  29.76 
 
 		 351 aa  83.2  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1166  acetylornithine deacetylase  27.05 
 
 		 384 aa  82.8  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0171  peptidase M20  25.07 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0369  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.4 
 
 		 391 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2313  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.41 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0897692 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  31.11 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  29.66 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  29.74 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  30.67 
 
 		 376 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1014  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.4 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00488739 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3430  peptidase M20  33.65 
 
 		 364 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  28.39 
 
 		 412 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0401  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.4 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0995  acetylornithine deacetylase  28.62 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.717305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5407  acetylornithine deacetylase  31.69 
 
 		 387 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532883  normal  0.0112485 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  28.71 
 
 		 411 aa  79.7  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3269  acetylornithine deacetylase  31.19 
 
 		 382 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0439  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.77 
 
 		 391 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5339  peptidase dimerisation domain protein  31.33 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538527  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.22 
 
 		 395 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0331  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.54 
 
 		 388 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  29.21 
 
 		 409 aa  78.6  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2044  acetylornithine deacetylase  26.83 
 
 		 392 aa  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.234319  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0407  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.22 
 
 		 392 aa  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0239  acetylornithine deacetylase  28.48 
 
 		 428 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6994  acetylornithine deacetylase  32.92 
 
 		 387 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.277721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.22 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.06 
 
 		 442 aa  77  0.0000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8178  peptidase M20  30.98 
 
 		 373 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3558  acetylornithine deacetylase  27.42 
 
 		 387 aa  77  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0769  acetylornithine deacetylase  28.38 
 
 		 386 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.811427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>