227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7337 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7337  ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 		 431 aa  890    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00127436  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4695  extracellular solute-binding protein family 1  64.62 
 
 		 432 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.52565 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4716  extracellular solute-binding protein family 1  65.76 
 
 		 432 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15040  extracellular solute-binding protein family 1  34.36 
 
 		 458 aa  240  2.9999999999999997e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.751229  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0069  twin-arginine translocation pathway signal  30.71 
 
 		 432 aa  196  6e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 428 aa  99.8  8e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  24.68 
 
 		 422 aa  97.1  6e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 413 aa  95.5  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 439 aa  93.6  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  24.82 
 
 		 425 aa  93.2  8e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 433 aa  87  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 433 aa  84  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 411 aa  83.6  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1492  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  27.62 
 
 		 431 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23010  extracellular solute-binding protein family 1  26.83 
 
 		 436 aa  82  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000978171  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 		 410 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 		 410 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.04 
 
 		 403 aa  80.9  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.55 
 
 		 407 aa  80.9  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  26.05 
 
 		 446 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 455 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 		 411 aa  77.4  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  24.25 
 
 		 433 aa  76.6  0.0000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  23.25 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  22.25 
 
 		 437 aa  75.1  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 		 457 aa  74.7  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 436 aa  74.3  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 410 aa  73.6  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  22.86 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  23.12 
 
 		 430 aa  73.6  0.000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 414 aa  72.8  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 433 aa  72.8  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 428 aa  72  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 455 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1023  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 422 aa  71.6  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.705733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  22.72 
 
 		 446 aa  70.9  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15380  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.03 
 
 		 465 aa  71.2  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.479356  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  22.28 
 
 		 419 aa  70.9  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 		 419 aa  70.9  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  23.91 
 
 		 434 aa  70.1  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.99 
 
 		 439 aa  69.7  0.00000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 		 428 aa  69.3  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 430 aa  67.8  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 421 aa  67  0.0000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  23.1 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.27 
 
 		 402 aa  65.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  23.29 
 
 		 421 aa  65.5  0.000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 		 447 aa  65.5  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  24.18 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 		 453 aa  64.3  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.63 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  21.16 
 
 		 420 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4871  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 		 434 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.377624 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  21.75 
 
 		 464 aa  63.2  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  23.57 
 
 		 436 aa  61.2  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 		 424 aa  60.5  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 		 423 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2014  extracellular solute-binding protein family 1  24.87 
 
 		 455 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.383085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 412 aa  59.7  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 		 410 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 466 aa  58.9  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  23.4 
 
 		 438 aa  58.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.5 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1017  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0416471  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 		 420 aa  58.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1807  extracellular solute-binding protein family 1  22.53 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  23.5 
 
 		 440 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1454  extracellular solute-binding protein family 1  26.24 
 
 		 445 aa  57  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  25.69 
 
 		 436 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 		 404 aa  55.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 453 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 436 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 430 aa  55.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 393 aa  55.1  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 441 aa  55.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 		 436 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  27.11 
 
 		 456 aa  55.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  20.38 
 
 		 424 aa  54.7  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1522  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 421 aa  55.1  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.569671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  22.25 
 
 		 423 aa  54.3  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3771  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 421 aa  54.7  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3183  extracellular solute-binding protein family 1  26.73 
 
 		 411 aa  54.3  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.641192  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  21.63 
 
 		 445 aa  54.3  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0712  extracellular solute-binding protein family 1  21.58 
 
 		 397 aa  53.5  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.518168  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  27.96 
 
 		 435 aa  53.5  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>