More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_15380 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_15380  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 
465 aa  942    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.479356  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1380  extracellular solute-binding protein family 1  43.5 
 
 
453 aa  371  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.031146 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2014  extracellular solute-binding protein family 1  43.6 
 
 
455 aa  366  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.383085  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2378  extracellular solute-binding protein  40.29 
 
 
451 aa  328  1.0000000000000001e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.612639  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2551  extracellular solute-binding protein family 1  33.08 
 
 
473 aa  163  5.0000000000000005e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35345  normal  0.255178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5872  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  30.64 
 
 
460 aa  161  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.696543 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1722  extracellular solute-binding protein family 1  30.83 
 
 
476 aa  137  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.902381 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3779  extracellular solute-binding protein family 1  28.91 
 
 
430 aa  121  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.292836  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1410  extracellular solute-binding protein family 1  27.8 
 
 
482 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23010  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 
436 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000978171  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15040  extracellular solute-binding protein family 1  23.29 
 
 
458 aa  92  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.751229  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 
442 aa  91.3  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01220  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.82 
 
 
466 aa  90.5  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 
410 aa  85.5  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1492  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
421 aa  85.9  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1017  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 
417 aa  84  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0416471  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.85 
 
 
406 aa  83.2  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
433 aa  81.3  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  22.49 
 
 
423 aa  80.9  0.00000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 
457 aa  80.1  0.00000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  22.17 
 
 
445 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 
436 aa  78.2  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.19 
 
 
426 aa  77.4  0.0000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  21.28 
 
 
466 aa  73.2  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 
433 aa  73.2  0.000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.6 
 
 
407 aa  72.8  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  24.33 
 
 
445 aa  71.2  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  22.95 
 
 
411 aa  71.2  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 
428 aa  70.1  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 
410 aa  70.1  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  19.79 
 
 
414 aa  69.7  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  25.69 
 
 
466 aa  68.6  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 
410 aa  68.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7337  ABC transporter substrate binding protein  24.03 
 
 
431 aa  68.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00127436  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  20.23 
 
 
425 aa  68.6  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  26.56 
 
 
403 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 
416 aa  68.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  22.56 
 
 
431 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
424 aa  68.2  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  21.38 
 
 
411 aa  67.4  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 
461 aa  67.4  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
412 aa  67.4  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  22.17 
 
 
440 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1088  extracellular solute-binding protein family 1  24.04 
 
 
414 aa  67  0.0000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00683834  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  22.95 
 
 
420 aa  67  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.64 
 
 
410 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 
436 aa  66.2  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
402 aa  66.2  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 
495 aa  65.5  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  22.26 
 
 
426 aa  65.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3988  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 
422 aa  65.9  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.81 
 
 
366 aa  65.5  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 
411 aa  65.1  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 
435 aa  64.7  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 
420 aa  64.3  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2194  extracellular solute-binding protein  22.09 
 
 
414 aa  64.3  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00903267  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 
411 aa  64.3  0.000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 
422 aa  64.7  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 
411 aa  64.7  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1708  extracellular solute-binding protein family 1  22.54 
 
 
458 aa  63.2  0.000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  21.25 
 
 
410 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  21.75 
 
 
439 aa  62.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  22.35 
 
 
437 aa  62.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  23.41 
 
 
444 aa  63.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  22.33 
 
 
410 aa  62  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  22.33 
 
 
410 aa  62  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  24.03 
 
 
423 aa  62.4  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0508  extracellular solute-binding protein family 1  21.17 
 
 
514 aa  62  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  22.48 
 
 
434 aa  61.6  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 
412 aa  60.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  23.41 
 
 
443 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2137  extracellular solute-binding protein family 1  21.27 
 
 
467 aa  61.2  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 
441 aa  61.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 
399 aa  60.8  0.00000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  21.67 
 
 
410 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.09 
 
 
425 aa  60.5  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13799  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4883  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23 
 
 
417 aa  60.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134037  normal  0.0630481 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2832  extracellular solute-binding protein family 1  22.58 
 
 
417 aa  60.1  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3000  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 
450 aa  60.1  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  23.91 
 
 
459 aa  60.1  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
433 aa  60.1  0.00000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  22.16 
 
 
428 aa  59.3  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  21.9 
 
 
446 aa  59.7  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  22.48 
 
 
446 aa  59.3  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1614  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 
391 aa  59.7  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000159886  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
393 aa  59.7  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  22.08 
 
 
408 aa  59.3  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 
391 aa  59.7  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  21.28 
 
 
414 aa  59.7  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
412 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 
423 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  23.37 
 
 
421 aa  58.5  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1524  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 
439 aa  58.5  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  21.66 
 
 
417 aa  58.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2308  extracellular solute-binding protein  21.11 
 
 
440 aa  58.5  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253431  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.26 
 
 
430 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  22.54 
 
 
416 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  21.89 
 
 
435 aa  57.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 
443 aa  57.8  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>