More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1471 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  100 
 
 		 398 aa  784    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1938  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 391 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 401 aa  203  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  35.49 
 
 		 401 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 395 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 397 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.73 
 
 		 413 aa  133  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2408  diguanylate cyclase  30.71 
 
 		 427 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 393 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 564 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 202 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 460 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 469 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 680 aa  127  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 559 aa  126  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 469 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  40.1 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 237 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 454 aa  125  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 477 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 586 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  41.81 
 
 		 476 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 172 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.7 
 
 		 772 aa  124  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 349 aa  123  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 641 aa  123  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 363 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 736 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.88 
 
 		 418 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 388 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 621 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 917 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 373 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 184 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.56 
 
 		 493 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 281 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  39.43 
 
 		 641 aa  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 611 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 408 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1296  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 389 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 		 901 aa  120  4.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  38.1 
 
 		 400 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.46 
 
 		 730 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 493 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 572 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 357 aa  119  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  30.12 
 
 		 393 aa  119  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.23 
 
 		 550 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  33.16 
 
 		 420 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 357 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.75 
 
 		 425 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 454 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 355 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 753 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 396 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 585 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 768 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.74 
 
 		 505 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 263 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  39 
 
 		 629 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  39.61 
 
 		 415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  39.22 
 
 		 461 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 710 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 620 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 259 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.4 
 
 		 455 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0092  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 577 aa  118  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.93 
 
 		 512 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  39.22 
 
 		 456 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 696 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  40 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 735 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 227 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 622 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 432 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 308 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  40.19 
 
 		 596 aa  117  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 345 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 555 aa  117  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>