More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6263 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 939 aa  1935    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  59.5 
 
 		 399 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  39.27 
 
 		 863 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  38.96 
 
 		 890 aa  415  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  50.72 
 
 		 509 aa  350  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  39.2 
 
 		 818 aa  349  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  37.83 
 
 		 499 aa  303  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  37.74 
 
 		 587 aa  299  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  32.29 
 
 		 1381 aa  249  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  34.39 
 
 		 681 aa  234  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  28.74 
 
 		 820 aa  194  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  30.57 
 
 		 802 aa  191  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  29.61 
 
 		 781 aa  189  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  30.78 
 
 		 1467 aa  184  6e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  27.36 
 
 		 881 aa  174  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1177 aa  166  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  40.43 
 
 		 317 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  32.06 
 
 		 338 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  30.2 
 
 		 500 aa  149  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  27.86 
 
 		 683 aa  146  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  31.9 
 
 		 324 aa  144  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  29.78 
 
 		 508 aa  140  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  26.77 
 
 		 1577 aa  131  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  28.29 
 
 		 661 aa  129  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  28.25 
 
 		 526 aa  127  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  26.16 
 
 		 1301 aa  127  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.06 
 
 		 2035 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.84 
 
 		 3027 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  26.15 
 
 		 2096 aa  111  7.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.49 
 
 		 2149 aa  109  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  25.43 
 
 		 1074 aa  106  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  27.53 
 
 		 1271 aa  106  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  28.31 
 
 		 1198 aa  105  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.52 
 
 		 2277 aa  105  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.23 
 
 		 1259 aa  99  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  26.44 
 
 		 1626 aa  97.8  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  24.54 
 
 		 1352 aa  95.1  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  26.43 
 
 		 1345 aa  94.7  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  26.43 
 
 		 1345 aa  94.7  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  26.14 
 
 		 3193 aa  94  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25.6 
 
 		 1614 aa  93.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  25.57 
 
 		 1959 aa  91.3  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  25.74 
 
 		 1485 aa  91.3  8e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  26.82 
 
 		 2003 aa  90.5  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  28.01 
 
 		 1008 aa  89.7  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  28.01 
 
 		 1008 aa  89.7  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  23.74 
 
 		 1489 aa  88.2  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  23.77 
 
 		 1197 aa  86.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  25.99 
 
 		 1620 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  25.88 
 
 		 3689 aa  86.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  24.17 
 
 		 1669 aa  86.7  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  25.55 
 
 		 1488 aa  85.9  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  23.18 
 
 		 1917 aa  85.5  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  23.52 
 
 		 1573 aa  84.7  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1942 aa  83.6  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  24.77 
 
 		 1673 aa  83.6  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.35 
 
 		 1600 aa  83.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  23.71 
 
 		 1518 aa  82.8  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  24.95 
 
 		 1362 aa  82.4  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  24.76 
 
 		 1586 aa  82.4  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  22.52 
 
 		 1840 aa  82  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.57 
 
 		 1560 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  25.88 
 
 		 1421 aa  81.3  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  26.03 
 
 		 1046 aa  81.3  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  25.3 
 
 		 1368 aa  80.9  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  25.21 
 
 		 1710 aa  80.5  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  25 
 
 		 1160 aa  80.9  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  24.8 
 
 		 1434 aa  80.5  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  24.38 
 
 		 1485 aa  80.9  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  21.73 
 
 		 1494 aa  80.9  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  24.19 
 
 		 1509 aa  80.1  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  26.17 
 
 		 3273 aa  79.7  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  25 
 
 		 1679 aa  79.3  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.43 
 
 		 1576 aa  79.7  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  23.09 
 
 		 1531 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  23.5 
 
 		 1520 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  23.84 
 
 		 1579 aa  79  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  26.58 
 
 		 2144 aa  78.6  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  23.18 
 
 		 1547 aa  78.6  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  23.84 
 
 		 1428 aa  78.2  0.0000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1923  peptidoglycan-binding LysM  23.84 
 
 		 5189 aa  78.2  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3683  peptidoglycan-binding LysM  23.84 
 
 		 5236 aa  78.2  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.52 
 
 		 1552 aa  77.8  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  23.17 
 
 		 1457 aa  77.4  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  24.63 
 
 		 1539 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.52 
 
 		 1543 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  24.94 
 
 		 1539 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  23.17 
 
 		 1423 aa  77.4  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  28.33 
 
 		 6272 aa  77  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.17 
 
 		 1528 aa  76.6  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.59 
 
 		 1517 aa  76.3  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.72 
 
 		 1433 aa  75.9  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  24.19 
 
 		 1593 aa  75.1  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  25.26 
 
 		 1464 aa  75.1  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  26.86 
 
 		 903 aa  75.1  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  24.83 
 
 		 1572 aa  74.7  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.02 
 
 		 1595 aa  74.7  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  24.4 
 
 		 1494 aa  74.7  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  24.4 
 
 		 1494 aa  74.7  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.02 
 
 		 1586 aa  74.7  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>