234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3895 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009956  Dshi_3895  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
594 aa  1243    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.241761 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.32 
 
 
592 aa  613  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4244  putative gluconate dehydrogenase  50.45 
 
 
588 aa  605  9.999999999999999e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.659751  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  47.81 
 
 
594 aa  590  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.57 
 
 
591 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2137  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.82 
 
 
593 aa  585  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.15 
 
 
592 aa  585  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.31 
 
 
594 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  47.88 
 
 
591 aa  584  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.97 
 
 
592 aa  578  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.98 
 
 
592 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  47.97 
 
 
591 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.14 
 
 
592 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.97 
 
 
592 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  47.97 
 
 
591 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.14 
 
 
592 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.14 
 
 
592 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.97 
 
 
592 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3608  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.64 
 
 
589 aa  568  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0579552  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.64 
 
 
594 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  47.64 
 
 
594 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  47.47 
 
 
594 aa  558  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0227  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.44 
 
 
592 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2565  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.62 
 
 
594 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.339235  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  47.3 
 
 
594 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.32 
 
 
589 aa  545  1e-154  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  46.26 
 
 
591 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5399  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.75 
 
 
586 aa  530  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1164  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.46 
 
 
594 aa  526  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  44.3 
 
 
596 aa  499  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.8 
 
 
590 aa  491  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.99 
 
 
586 aa  489  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  44.8 
 
 
573 aa  478  1e-133  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  44.94 
 
 
573 aa  478  1e-133  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.84 
 
 
553 aa  232  1e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.36 
 
 
755 aa  181  4.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.24 
 
 
550 aa  175  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.55 
 
 
549 aa  163  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  26.99 
 
 
647 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.96 
 
 
522 aa  140  7e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
527 aa  140  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.08 
 
 
563 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 
522 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.13 
 
 
522 aa  136  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.59 
 
 
522 aa  135  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.08 
 
 
698 aa  134  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.19 
 
 
528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.86 
 
 
561 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.94 
 
 
545 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.42 
 
 
522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.42 
 
 
522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  22.7 
 
 
573 aa  128  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.17 
 
 
526 aa  128  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.84 
 
 
522 aa  128  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.15 
 
 
523 aa  127  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.02 
 
 
527 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 
553 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.22 
 
 
526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.43 
 
 
528 aa  122  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.31 
 
 
528 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.61 
 
 
523 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.1 
 
 
547 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.62 
 
 
522 aa  117  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.32 
 
 
534 aa  117  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.25 
 
 
581 aa  116  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.82 
 
 
572 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.59 
 
 
547 aa  113  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.85 
 
 
515 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  25.62 
 
 
549 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.12 
 
 
573 aa  110  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.9 
 
 
556 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.11 
 
 
563 aa  109  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.19 
 
 
578 aa  109  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.59 
 
 
544 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  26.45 
 
 
563 aa  107  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27.21 
 
 
547 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.04 
 
 
556 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  26.45 
 
 
563 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  26.45 
 
 
563 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  25.04 
 
 
574 aa  103  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.78 
 
 
570 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.27 
 
 
518 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.95 
 
 
561 aa  102  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 
559 aa  101  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.54 
 
 
526 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.33 
 
 
579 aa  100  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.68 
 
 
548 aa  100  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.64 
 
 
572 aa  99.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.39 
 
 
533 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.45 
 
 
533 aa  100  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.8 
 
 
531 aa  99  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  23.26 
 
 
558 aa  99.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.94 
 
 
572 aa  98.6  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.57 
 
 
579 aa  98.2  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.37 
 
 
584 aa  97.8  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.55 
 
 
504 aa  97.4  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 
533 aa  97.4  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 
533 aa  97.4  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.2 
 
 
567 aa  96.7  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  24.87 
 
 
565 aa  95.5  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>