107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0172 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0172  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  413  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0167  TetR family transcriptional regulator  97.04 
 
 		 203 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.266146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  97.04 
 
 		 203 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0193  TetR family transcriptional regulator  84.24 
 
 		 203 aa  347  9e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3546  TetR family transcriptional regulator  77.34 
 
 		 203 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  75.86 
 
 		 203 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  75.86 
 
 		 203 aa  309  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  75.86 
 
 		 203 aa  309  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  76.35 
 
 		 203 aa  309  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0121  putative transcriptional regulator, TetR family protein  53.23 
 
 		 204 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.778342  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0132  TetR family transcriptional regulator  47.71 
 
 		 218 aa  185  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0186  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 221 aa  141  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.240473 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01438  hypothetical protein  38.14 
 
 		 196 aa  136  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004024  transcriptional regulator  41.48 
 
 		 196 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000690924  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1551  hypothetical protein  39.55 
 
 		 196 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.494685  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1003  putative HTH-type transcriptional regulator  40.91 
 
 		 199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3021  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 226 aa  86.7  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1943  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1500  regulatory protein TetR  29.53 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.570959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1779  regulatory protein TetR  29.53 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.16684 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1501  regulatory protein TetR  26.04 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0856799  normal  0.774912 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0676  putative transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 205 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0668  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109249  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0734  putative transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2994  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383158  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 198 aa  70.5  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1636  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.836865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  26.42 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5699  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.393579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  24.88 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 232 aa  53.9  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 223 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  32.14 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  21.28 
 
 		 200 aa  52.4  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  21.98 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 212 aa  52  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 189 aa  52  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05540  transcriptional regulator  25.26 
 
 		 197 aa  51.2  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  22.54 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  21.32 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0242  transcriptional regulator, TetR family  26.55 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 222 aa  48.9  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4103  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4515  transcriptional regulator, TetR family  23.68 
 
 		 217 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2424  TetR family transcriptional regulator  21.39 
 
 		 195 aa  48.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351018  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2982  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 232 aa  48.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.435152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  26.99 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0114  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 220 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.621262  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  25.56 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6137  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.780623 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.431523 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4615  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 225 aa  47  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  22.92 
 
 		 222 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 207 aa  46.2  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1696  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 202 aa  46.6  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.176236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2604  transcriptional regulator, TetR family  22.42 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1605  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 208 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72373  hitchhiker  0.0000763584 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1958  putative transcriptional regulator, TetR family  23.44 
 
 		 208 aa  45.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 222 aa  45.4  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 197 aa  45.4  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0688  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 206 aa  45.1  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5095  transcriptional regulator, TetR family  24.56 
 
 		 200 aa  45.4  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.666558  normal  0.638711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0439  TetR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 199 aa  45.1  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 215 aa  44.7  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6613  TetR family transcriptional regulator  22.02 
 
 		 254 aa  45.1  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1231  transcriptional regulator, TetR family  23.68 
 
 		 212 aa  44.7  0.0009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.814793  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4250  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.229004  normal  0.19782 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5283  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 184 aa  44.7  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.729406  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 230 aa  43.5  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 248 aa  43.5  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4105  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 232 aa  43.9  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  20.65 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 333 aa  43.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 216 aa  42.7  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  26.61 
 
 		 307 aa  43.1  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1611  regulatory protein TetR  24.17 
 
 		 222 aa  43.1  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  23.21 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 226 aa  42.7  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 225 aa  42.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  21.89 
 
 		 214 aa  42.7  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  22.76 
 
 		 225 aa  42.4  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  22.02 
 
 		 224 aa  42.4  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 212 aa  42.4  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 		 205 aa  42.4  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5083  regulatory protein TetR  24.87 
 
 		 184 aa  42  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749425  normal  0.163121 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 188 aa  42  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  24.5 
 
 		 207 aa  42  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>