123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0668 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0668  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
196 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109249  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2994  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
197 aa  88.2  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383158  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
198 aa  88.2  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0734  putative transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 
202 aa  81.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522503  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4515  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 
217 aa  77.8  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 
215 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3021  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
226 aa  75.1  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1943  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0676  putative transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 
205 aa  74.7  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0172  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
203 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
203 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
203 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
203 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1003  putative HTH-type transcriptional regulator  29.82 
 
 
199 aa  70.9  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0167  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.266146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1500  regulatory protein TetR  30.61 
 
 
216 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.570959  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0193  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
203 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1779  regulatory protein TetR  30.61 
 
 
208 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.16684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
211 aa  65.5  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1501  regulatory protein TetR  29.9 
 
 
210 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0856799  normal  0.774912 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 
203 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004024  transcriptional regulator  27.17 
 
 
196 aa  65.1  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000690924  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3546  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
203 aa  63.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1636  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
208 aa  64.3  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.836865  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01438  hypothetical protein  28 
 
 
196 aa  63.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
216 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 
222 aa  61.6  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 
214 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 
208 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  27.96 
 
 
228 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 
189 aa  58.9  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  23.74 
 
 
202 aa  58.5  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 
196 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 
196 aa  58.2  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2847  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 
203 aa  57  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1605  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
208 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72373  hitchhiker  0.0000763584 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 
208 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05540  transcriptional regulator  33.94 
 
 
197 aa  56.2  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  31.06 
 
 
196 aa  55.1  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 
196 aa  55.1  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
203 aa  53.9  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0121  putative transcriptional regulator, TetR family protein  25.75 
 
 
204 aa  53.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.778342  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3318  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 
209 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.706239  normal  0.445875 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  32.37 
 
 
190 aa  52.8  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 
205 aa  52.8  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1551  hypothetical protein  25.43 
 
 
196 aa  52.4  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.494685  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0641  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 
208 aa  52  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
333 aa  52  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 
307 aa  51.6  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
234 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1231  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 
212 aa  51.6  0.000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.814793  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5699  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
206 aa  51.2  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.393579  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 
191 aa  51.2  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
248 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 
212 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 
207 aa  50.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
214 aa  50.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4105  transcriptional regulator, TetR family  27.39 
 
 
232 aa  50.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
219 aa  49.7  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  25.45 
 
 
199 aa  49.7  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
240 aa  49.3  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  28.7 
 
 
205 aa  49.3  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  31.33 
 
 
206 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5083  regulatory protein TetR  29.3 
 
 
184 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749425  normal  0.163121 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0132  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
218 aa  48.5  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
212 aa  48.5  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5283  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 
184 aa  48.5  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.729406  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  23.37 
 
 
205 aa  48.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5603  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
231 aa  48.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.011293  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0784  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 
197 aa  48.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6361  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 
229 aa  48.5  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.439154 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 
193 aa  48.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4538  putative transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 
243 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.530779  normal  0.432727 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 
199 aa  47.8  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3609  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 
228 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 
191 aa  47  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1856  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 
222 aa  46.6  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.906441  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 
230 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1344  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
213 aa  46.2  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.179136  normal  0.106608 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 
199 aa  46.2  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6844  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
203 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 
217 aa  45.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0677  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 
238 aa  45.4  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2974  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
225 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0186  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
221 aa  45.1  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.240473 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 
231 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
205 aa  44.7  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 
207 aa  44.7  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5162  transcriptional regulator, TetR family  24.67 
 
 
193 aa  45.1  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.134912  normal  0.642196 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 
206 aa  44.3  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
205 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
205 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1203  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
203 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  24.57 
 
 
204 aa  43.5  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0547  transcriptional regulator, TetR family  31 
 
 
249 aa  42.7  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
222 aa  42.7  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 
237 aa  42.7  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2575  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 
183 aa  42.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0114  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
220 aa  42.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.621262  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7086  transcriptional regulator TetR family  23.98 
 
 
241 aa  42.4  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>