33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0114 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0114  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 220 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.621262  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3098  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.243755  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  33.03 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 203 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0167  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.266146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 203 aa  48.5  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0172  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0941  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3140  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 230 aa  46.2  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 189 aa  45.4  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5073  transcriptional regulator TetR family  36.17 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.479761  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1053  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.853566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  29.66 
 
 		 218 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 215 aa  44.3  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  30.7 
 
 		 239 aa  44.3  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2221  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 264 aa  43.9  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.104647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3105  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0790075  normal  0.372854 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 203 aa  43.9  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1392  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13075  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 226 aa  43.1  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.576817 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 217 aa  42.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0135  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 217 aa  42.7  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0668  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 196 aa  42.4  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109249  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 217 aa  42.4  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 192 aa  42.4  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 217 aa  42.4  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 225 aa  42.4  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 217 aa  42.4  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10782  hypothetical protein  28.36 
 
 		 213 aa  42  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.882967 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 206 aa  42  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  42  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  41.6  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>