86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0121 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0121  putative transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 204 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.778342  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0172  TetR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 203 aa  210  9e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 203 aa  210  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 203 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 203 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 203 aa  207  8e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3546  TetR family transcriptional regulator  54.77 
 
 		 203 aa  206  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  54.77 
 
 		 203 aa  205  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0167  TetR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 203 aa  205  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.266146 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0193  TetR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 203 aa  203  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0132  TetR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 218 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0186  TetR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 221 aa  152  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.240473 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1551  hypothetical protein  40.61 
 
 		 196 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.494685  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01438  hypothetical protein  38.78 
 
 		 196 aa  128  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004024  transcriptional regulator  38.78 
 
 		 196 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000690924  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1003  putative HTH-type transcriptional regulator  35.03 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3021  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 226 aa  94.7  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1943  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0676  putative transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 205 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0734  putative transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1636  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 208 aa  72  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.836865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1501  regulatory protein TetR  28.07 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0856799  normal  0.774912 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1500  regulatory protein TetR  28.07 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.570959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1779  regulatory protein TetR  28.02 
 
 		 208 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.16684 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2994  TetR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383158  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0668  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109249  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5699  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.393579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  23.88 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  25.68 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  21.55 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4058  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 191 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  24.42 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4515  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  26.86 
 
 		 190 aa  52.4  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05540  transcriptional regulator  23.74 
 
 		 197 aa  52  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 202 aa  52  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10666  TetR family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 231 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000329516  normal  0.389268 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 208 aa  51.2  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2110  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  0.248102 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  25.66 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  23.38 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  25.14 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 203 aa  48.9  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 214 aa  48.9  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 222 aa  48.9  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  24.55 
 
 		 224 aa  48.5  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1231  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 212 aa  48.5  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.814793  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 230 aa  48.5  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  24.42 
 
 		 217 aa  48.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0930  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 		 194 aa  47.4  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0302  putative transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 195 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.475945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  24.14 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4081  transcriptional regulator, TetR family  25.44 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  22.99 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2665  TetR family transcriptional regulator  20.89 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 204 aa  46.6  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5283  transcriptional regulator, TetR family  22.42 
 
 		 184 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.729406  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2681  TetR family transcriptional regulator  20.89 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  21.98 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2636  TetR family transcriptional regulator  20.89 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2424  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 195 aa  45.8  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351018  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 200 aa  45.8  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 223 aa  45.4  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0242  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 197 aa  45.1  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5135  TetR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 192 aa  45.1  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 307 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 232 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2276  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 403 aa  43.5  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.276985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 333 aa  43.9  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  22.17 
 
 		 249 aa  43.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4429  TetR family transcriptional regulator  20 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.247191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0325  TetR family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 237 aa  42.7  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 208 aa  42.7  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  27.62 
 
 		 196 aa  42  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 201 aa  42  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  23.85 
 
 		 204 aa  42  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  22.94 
 
 		 200 aa  42  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  21.21 
 
 		 186 aa  41.6  0.009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>