88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1500 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1500  regulatory protein TetR  100 
 
 		 216 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.570959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1779  regulatory protein TetR  98.54 
 
 		 208 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.16684 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1501  regulatory protein TetR  89.27 
 
 		 210 aa  358  4e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0856799  normal  0.774912 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 198 aa  87.8  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004024  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 196 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000690924  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1551  hypothetical protein  27.6 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.494685  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0132  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0172  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01438  hypothetical protein  26.56 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2994  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383158  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0167  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 203 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.266146 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1636  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.836865  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0193  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3546  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 203 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 215 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4515  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0734  putative transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 203 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1003  putative HTH-type transcriptional regulator  23.95 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0676  putative transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0668  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 196 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109249  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3021  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1943  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0186  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.240473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0121  putative transcriptional regulator, TetR family protein  28.07 
 
 		 204 aa  62  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.778342  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5083  regulatory protein TetR  31.79 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749425  normal  0.163121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  23.78 
 
 		 200 aa  52.4  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 223 aa  51.6  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2974  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 209 aa  51.6  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5699  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 206 aa  51.6  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.393579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 215 aa  50.1  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1605  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 208 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72373  hitchhiker  0.0000763584 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4429  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 192 aa  50.1  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.247191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 333 aa  49.3  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  21.43 
 
 		 203 aa  49.3  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 196 aa  48.9  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5283  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 184 aa  48.9  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.729406  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2636  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1344  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 213 aa  47.8  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.179136  normal  0.106608 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 307 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2665  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2681  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 204 aa  47.4  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21120  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0983  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1011  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.632644 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1001  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  20.67 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0827  transcriptional regulator, TetR family  25.66 
 
 		 200 aa  46.6  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  23.39 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  27.03 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 193 aa  46.2  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 207 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 234 aa  45.1  0.0009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0159  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 232 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4028  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 212 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0855  transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 225 aa  44.3  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 220 aa  43.5  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 191 aa  43.1  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0302  putative transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 195 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.475945  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 204 aa  43.1  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  22.16 
 
 		 199 aa  43.1  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10695  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 218 aa  42.7  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 212 aa  43.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1278  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 191 aa  42.7  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.190846  normal  0.885926 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 225 aa  42.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0395  transcriptional regulator  21.64 
 
 		 175 aa  42.7  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 248 aa  42.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1958  putative transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 208 aa  42.4  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0930  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 194 aa  42  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 207 aa  41.6  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3954  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 232 aa  41.6  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>