72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0132 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0132  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
218 aa  432  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3546  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
203 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  48.4 
 
 
203 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  47.95 
 
 
203 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0172  TetR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
203 aa  185  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  48.4 
 
 
203 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  48.86 
 
 
203 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
203 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0193  TetR family transcriptional regulator  45.87 
 
 
203 aa  182  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0167  TetR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
203 aa  182  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.266146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0121  putative transcriptional regulator, TetR family protein  41.86 
 
 
204 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.778342  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0186  TetR family transcriptional regulator  47.09 
 
 
221 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.240473 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1551  hypothetical protein  41.83 
 
 
196 aa  135  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.494685  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004024  transcriptional regulator  40.31 
 
 
196 aa  131  9e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000690924  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1003  putative HTH-type transcriptional regulator  40.21 
 
 
199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01438  hypothetical protein  39.23 
 
 
196 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3021  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
226 aa  85.9  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1943  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1501  regulatory protein TetR  33.15 
 
 
210 aa  84.7  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0856799  normal  0.774912 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1500  regulatory protein TetR  32.61 
 
 
216 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.570959  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1779  regulatory protein TetR  32.61 
 
 
208 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.16684 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
198 aa  60.8  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  24.3 
 
 
204 aa  58.9  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
225 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2994  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
197 aa  57.8  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383158  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
202 aa  58.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  26.79 
 
 
199 aa  57  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  29.38 
 
 
206 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4515  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 
217 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1636  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
208 aa  52.8  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.836865  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0734  putative transcriptional regulator, TetR family  23.98 
 
 
202 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522503  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 
196 aa  52  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  24.19 
 
 
200 aa  52  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0688  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 
206 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0676  putative transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 
205 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 
199 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 
201 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 
189 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 
217 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
215 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  29.41 
 
 
190 aa  49.7  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  28.19 
 
 
206 aa  49.7  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  29.57 
 
 
196 aa  49.3  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 
207 aa  49.3  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  30.95 
 
 
199 aa  48.9  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
208 aa  48.5  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
224 aa  48.5  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0668  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
196 aa  48.5  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109249  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  22.46 
 
 
223 aa  48.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
203 aa  48.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
226 aa  47  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2110  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
218 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  0.248102 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 
203 aa  45.1  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
197 aa  45.1  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1203  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
203 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 
193 aa  44.7  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  22.84 
 
 
215 aa  44.3  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10666  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 
231 aa  44.7  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000329516  normal  0.389268 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 
249 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1231  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 
212 aa  43.9  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.814793  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2604  transcriptional regulator, TetR family  23.33 
 
 
195 aa  43.9  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
254 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
232 aa  43.1  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2982  TetR family transcriptional regulator  22.69 
 
 
232 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.435152  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4429  TetR family transcriptional regulator  24.37 
 
 
192 aa  43.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.247191  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0550  TetR family transcriptional regulator  22.86 
 
 
283 aa  42.4  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 
203 aa  42.4  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 
214 aa  42.4  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 
202 aa  42  0.007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  23.43 
 
 
257 aa  42  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1958  putative transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 
208 aa  41.6  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158698  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  25.65 
 
 
207 aa  41.6  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1890  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 
253 aa  41.6  0.01  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00021201 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>