106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1003 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1003  putative HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1551  hypothetical protein  57.14 
 
 		 196 aa  249  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.494685  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01438  hypothetical protein  57.65 
 
 		 196 aa  246  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004024  transcriptional regulator  56.63 
 
 		 196 aa  241  7e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000690924  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0172  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 203 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0132  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 218 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0167  TetR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.266146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 203 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 203 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 203 aa  121  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3546  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 203 aa  120  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0186  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.240473 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  40.34 
 
 		 203 aa  118  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0193  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 203 aa  115  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0121  putative transcriptional regulator, TetR family protein  34.52 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.778342  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3021  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 226 aa  95.1  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1943  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1501  regulatory protein TetR  23.35 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0856799  normal  0.774912 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0668  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109249  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1779  regulatory protein TetR  23.95 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.16684 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1500  regulatory protein TetR  23.95 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.570959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  23 
 
 		 215 aa  67  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2994  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383158  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0676  putative transcriptional regulator, TetR family  21.67 
 
 		 205 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4515  transcriptional regulator, TetR family  21.79 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0734  putative transcriptional regulator, TetR family  21.55 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 248 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  25.15 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1636  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.836865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  24.55 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 198 aa  58.2  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  25.43 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 234 aa  52.8  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  22.29 
 
 		 214 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 207 aa  52.8  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  22.22 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 216 aa  52  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22990  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 223 aa  51.6  0.000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0933864  normal  0.028216 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2986  regulatory protein, TetR  25 
 
 		 241 aa  51.6  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  23.08 
 
 		 206 aa  51.6  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5162  transcriptional regulator, TetR family  22.86 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.134912  normal  0.642196 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  23.98 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  21.18 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  20.24 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 307 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 333 aa  49.7  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  27.22 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  22.22 
 
 		 199 aa  48.5  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  23.17 
 
 		 207 aa  48.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0481  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 		 225 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  20.6 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  20.6 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  21.91 
 
 		 257 aa  46.6  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0424  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1605  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72373  hitchhiker  0.0000763584 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2028  transcriptional regulator, TetR family  21.14 
 
 		 194 aa  46.6  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.937171  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0302  putative transcriptional regulator, TetR family  21.53 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.475945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  20.1 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1344  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 213 aa  45.8  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.179136  normal  0.106608 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 207 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3167  TetR family transcriptional regulator  22.17 
 
 		 236 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0319866  normal  0.111754 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  23.86 
 
 		 212 aa  45.4  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11960  transcriptional regulator, tetR family  26.72 
 
 		 251 aa  45.1  0.0006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.184104  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  22.41 
 
 		 202 aa  45.4  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 191 aa  44.7  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5083  regulatory protein TetR  23.45 
 
 		 184 aa  45.1  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749425  normal  0.163121 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 		 200 aa  44.7  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  20.43 
 
 		 222 aa  44.7  0.0009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  24.24 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  20.45 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20070  transcriptional regulator, TetR family  20.83 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  23.38 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 203 aa  43.9  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0930  transcriptional regulator, TetR family  19.51 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 225 aa  43.5  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05790  transcriptional regulator  25.86 
 
 		 215 aa  43.9  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.415819 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 232 aa  43.1  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1586  transcriptional regulator, TetR family  21.09 
 
 		 197 aa  43.1  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.66794  normal  0.155541 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 235 aa  42.7  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  21.76 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  21.82 
 
 		 207 aa  42.4  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 203 aa  42.4  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1597  putative transcriptional regulator, TetR family  23.35 
 
 		 174 aa  42.7  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 202 aa  42.4  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  21.97 
 
 		 199 aa  42.4  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  18.23 
 
 		 212 aa  42  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  22.22 
 
 		 229 aa  42  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 254 aa  41.6  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 223 aa  41.6  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2449  TetR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 196 aa  41.2  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5603  TetR family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 231 aa  41.2  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.011293  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6361  transcriptional regulator, TetR family  21.67 
 
 		 229 aa  41.2  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.439154 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>