More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1377 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  100 
 
 		 411 aa  835    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 411 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  34.94 
 
 		 411 aa  212  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 412 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 410 aa  196  9e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  37.66 
 
 		 413 aa  180  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  47.42 
 
 		 439 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  47.64 
 
 		 432 aa  171  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  32.92 
 
 		 412 aa  169  8e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  48.33 
 
 		 384 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  48.15 
 
 		 396 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  33.17 
 
 		 410 aa  166  6.9999999999999995e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  32.17 
 
 		 393 aa  166  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 405 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 411 aa  164  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 398 aa  164  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  46.77 
 
 		 381 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  46.32 
 
 		 417 aa  162  7e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 427 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  31.29 
 
 		 431 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 412 aa  159  6e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  46.73 
 
 		 400 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 427 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  46.81 
 
 		 394 aa  159  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  38.2 
 
 		 412 aa  157  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 426 aa  155  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 362 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 425 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 387 aa  152  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 396 aa  150  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  46.35 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  44.17 
 
 		 355 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  37.14 
 
 		 402 aa  116  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.57 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 422 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 901 aa  113  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  43.98 
 
 		 709 aa  113  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 365 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 523 aa  112  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 517 aa  112  9e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  44.17 
 
 		 609 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.16 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 450 aa  110  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 450 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.96 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 323 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 373 aa  110  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 510 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 476 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 532 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 476 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 452 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  32.26 
 
 		 452 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 764 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 452 aa  109  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.6 
 
 		 506 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 764 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 386 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 764 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 452 aa  108  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 376 aa  108  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 536 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 507 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.69 
 
 		 550 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  42.14 
 
 		 288 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.12 
 
 		 455 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 510 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  32.26 
 
 		 476 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 360 aa  108  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.61 
 
 		 461 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 510 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 510 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 392 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 528 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 380 aa  107  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0985  GGDEF family protein  36.36 
 
 		 392 aa  107  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  39.76 
 
 		 454 aa  106  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 419 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.69 
 
 		 374 aa  106  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 623 aa  106  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 378 aa  106  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 758 aa  106  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 440 aa  106  9e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 443 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 622 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 772 aa  105  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  44.31 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 510 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  43.79 
 
 		 506 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>