More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1681 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 496 aa  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 540 aa  199  9e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 		 1078 aa  156  9e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 735 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.09 
 
 		 842 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 227 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  29.29 
 
 		 428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 532 aa  147  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 424 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 555 aa  143  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 738 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  32 
 
 		 632 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 508 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  45.28 
 
 		 474 aa  140  6e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  32.27 
 
 		 634 aa  140  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 772 aa  140  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  46.95 
 
 		 448 aa  139  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 308 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 		 686 aa  139  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 631 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 461 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  42.42 
 
 		 518 aa  137  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 477 aa  136  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 559 aa  136  7.000000000000001e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 753 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 610 aa  136  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 		 1466 aa  136  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 372 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.77 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 357 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  43.5 
 
 		 624 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 565 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 373 aa  134  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 476 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  39.78 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  40.99 
 
 		 346 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 369 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 495 aa  134  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  45 
 
 		 347 aa  134  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.01 
 
 		 565 aa  134  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  39.78 
 
 		 323 aa  134  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 		 407 aa  133  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  42.68 
 
 		 689 aa  133  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 		 722 aa  133  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 732 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 620 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 470 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 451 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 323 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0500  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 458 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 631 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  43.18 
 
 		 626 aa  131  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 471 aa  131  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.48 
 
 		 1050 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.7 
 
 		 493 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 517 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 460 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 		 315 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  42.68 
 
 		 443 aa  131  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 505 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  31.37 
 
 		 548 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  32.98 
 
 		 422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 736 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 624 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 466 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  42.5 
 
 		 427 aa  130  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 493 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 493 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 432 aa  130  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 432 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40.59 
 
 		 1073 aa  130  7.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 641 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 387 aa  130  8.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  42.58 
 
 		 340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.93 
 
 		 1021 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 440 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 680 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 622 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.33 
 
 		 901 aa  129  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 220 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 625 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  39.25 
 
 		 505 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 323 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 559 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 623 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 403 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  42.24 
 
 		 311 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  40 
 
 		 1339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 454 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 498 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>