More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0470 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  84.7 
 
 		 453 aa  731    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  80.81 
 
 		 452 aa  722    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  79.68 
 
 		 456 aa  693    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  84.98 
 
 		 451 aa  762    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  79.91 
 
 		 455 aa  717    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  79.91 
 
 		 455 aa  716    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  73.46 
 
 		 459 aa  660    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  84.15 
 
 		 454 aa  748    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  81.26 
 
 		 452 aa  701    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  81.26 
 
 		 452 aa  700    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  73.05 
 
 		 476 aa  649    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  81.72 
 
 		 452 aa  707    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  77.38 
 
 		 455 aa  682    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  79.68 
 
 		 455 aa  717    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  79.68 
 
 		 455 aa  716    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  100 
 
 		 455 aa  894    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  48.22 
 
 		 456 aa  368  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  43.46 
 
 		 462 aa  355  7.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  47.71 
 
 		 428 aa  350  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  47.54 
 
 		 460 aa  347  2e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  43.61 
 
 		 453 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  41.67 
 
 		 460 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  38.63 
 
 		 451 aa  287  2.9999999999999996e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  35.65 
 
 		 454 aa  263  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  33.65 
 
 		 467 aa  217  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  31.61 
 
 		 478 aa  201  3e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 440 aa  198  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  32.25 
 
 		 445 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  31.19 
 
 		 442 aa  194  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  32.79 
 
 		 466 aa  193  4e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  32.32 
 
 		 444 aa  192  7e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  30.95 
 
 		 427 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  34.5 
 
 		 469 aa  179  7e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  34.37 
 
 		 443 aa  172  7.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  28.01 
 
 		 500 aa  163  7e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  29.89 
 
 		 486 aa  162  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  28.67 
 
 		 485 aa  160  3e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  27.61 
 
 		 505 aa  157  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  28.61 
 
 		 459 aa  155  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  27.4 
 
 		 531 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2709  MATE efflux family protein  27.93 
 
 		 454 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.74149  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  28.05 
 
 		 501 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  27.91 
 
 		 516 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  27.61 
 
 		 503 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  26.68 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  27.61 
 
 		 495 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  26.68 
 
 		 520 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  26.74 
 
 		 517 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  27.19 
 
 		 498 aa  150  4e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  25.89 
 
 		 461 aa  150  5e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  28.19 
 
 		 442 aa  150  6e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  29.05 
 
 		 505 aa  149  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  28.64 
 
 		 509 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  26.95 
 
 		 499 aa  146  6e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  27.31 
 
 		 460 aa  146  7.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  29.37 
 
 		 458 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  27.44 
 
 		 518 aa  146  8.000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  31.25 
 
 		 458 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  30.73 
 
 		 470 aa  144  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  26.03 
 
 		 515 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  26.03 
 
 		 515 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  26.03 
 
 		 515 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  26.03 
 
 		 515 aa  143  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  27.58 
 
 		 477 aa  142  9e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1597  MATE efflux family protein  28.46 
 
 		 460 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36267e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  27.65 
 
 		 521 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  29.37 
 
 		 484 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  28.05 
 
 		 453 aa  140  6e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  29.9 
 
 		 463 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  30.04 
 
 		 463 aa  138  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  24.78 
 
 		 477 aa  136  7.000000000000001e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  29.2 
 
 		 445 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  26.27 
 
 		 455 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1461  MATE efflux family protein  29.89 
 
 		 500 aa  135  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  27.91 
 
 		 500 aa  134  3.9999999999999996e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  29.83 
 
 		 467 aa  133  6.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3120  MATE efflux family protein  26.03 
 
 		 461 aa  133  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.369114  normal  0.932515 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  26.18 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0048  MATE efflux family protein  29.02 
 
 		 460 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782578  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  25.22 
 
 		 462 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  24.1 
 
 		 448 aa  128  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1820  Na+-driven multidrug efflux pump-like protein  29.02 
 
 		 461 aa  127  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  24.83 
 
 		 459 aa  128  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1992  multi antimicrobial extrusion protein MatE  29.1 
 
 		 483 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2060  MATE efflux family protein  23.95 
 
 		 456 aa  127  5e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000022927  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3542  MATE efflux family protein  28.71 
 
 		 467 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.179333 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  27.44 
 
 		 454 aa  126  8.000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  25.78 
 
 		 460 aa  126  1e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  26 
 
 		 461 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5118  multi anti extrusion protein MatE  28.79 
 
 		 453 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1053  MATE efflux family protein  25 
 
 		 462 aa  124  3e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.2115099999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3527  MATE efflux family protein  27.59 
 
 		 443 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1790  hypothetical protein  26.01 
 
 		 443 aa  124  4e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0285  MATE efflux family protein  27.52 
 
 		 465 aa  124  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.47505 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  28.2 
 
 		 486 aa  124  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  28.71 
 
 		 525 aa  124  5e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  23.34 
 
 		 468 aa  123  8e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0747  MATE efflux family protein  26.48 
 
 		 490 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1274  Na+ driven multidrug efflux protein  24.83 
 
 		 456 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.605029  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0333  MATE efflux family protein  25.5 
 
 		 451 aa  122  1.9999999999999998e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0189347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>