More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3225 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  100 
 
 		 599 aa  1212    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 585 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  43.38 
 
 		 585 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 591 aa  431  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 572 aa  241  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 628 aa  199  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 580 aa  179  9e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.21 
 
 		 841 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.992809  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4254  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 681 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000333563  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  32.76 
 
 		 574 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  27.83 
 
 		 632 aa  134  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 578 aa  133  9e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 578 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 578 aa  130  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  33.56 
 
 		 297 aa  127  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.71 
 
 		 525 aa  127  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 584 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 579 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 579 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.14 
 
 		 525 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 568 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 323 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 579 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 539 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 578 aa  124  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 537 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 314 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 496 aa  120  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 382 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  40.53 
 
 		 375 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 414 aa  118  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 		 754 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  39.47 
 
 		 375 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  32.06 
 
 		 581 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  37.89 
 
 		 754 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 		 754 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 320 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 696 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 409 aa  116  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.35 
 
 		 648 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 438 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 220 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 540 aa  115  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 627 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.18 
 
 		 665 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 353 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 324 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.25 
 
 		 663 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.37 
 
 		 754 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 532 aa  114  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 355 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  36.78 
 
 		 644 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 324 aa  114  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 307 aa  114  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 342 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 324 aa  114  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.62 
 
 		 483 aa  114  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 		 636 aa  114  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 461 aa  114  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 411 aa  114  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  41.12 
 
 		 1726 aa  113  8.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 357 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 392 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 620 aa  113  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 349 aa  113  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  24.72 
 
 		 581 aa  113  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.01 
 
 		 425 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 582 aa  113  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 359 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 324 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 569 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  40.12 
 
 		 568 aa  113  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 581 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 653 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 454 aa  113  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 575 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  37.38 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 482 aa  112  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 764 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 317 aa  112  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 764 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 764 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.2 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 575 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 353 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 357 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 345 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 416 aa  111  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 352 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 354 aa  112  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 354 aa  112  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.11 
 
 		 550 aa  111  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 184 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.38 
 
 		 474 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 395 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>