272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4057 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  98.54 
 
 		 752 aa  1531    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 752 aa  1548    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3988  glucose-methanol-choline oxidoreductase  95.88 
 
 		 752 aa  1488    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  48.59 
 
 		 662 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.59 
 
 		 662 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48 
 
 		 662 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.3 
 
 		 662 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.4 
 
 		 614 aa  389  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5986  putative dehydrogenase large subunit protein  36.87 
 
 		 623 aa  372  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420299 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2098  putative dehydrogenase large subunit protein  38.27 
 
 		 612 aa  366  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3137  dehydrogenase subunit  37.09 
 
 		 607 aa  360  6e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2982  putative dehydrogenase protein  37.09 
 
 		 607 aa  359  9e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.244285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.14 
 
 		 538 aa  310  5.9999999999999995e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.6 
 
 		 539 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.61 
 
 		 539 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.61 
 
 		 539 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.61 
 
 		 539 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.21 
 
 		 539 aa  289  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.49 
 
 		 533 aa  289  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  32.66 
 
 		 539 aa  288  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.07 
 
 		 536 aa  288  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.16 
 
 		 539 aa  287  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.21 
 
 		 539 aa  286  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  33.99 
 
 		 537 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.91 
 
 		 540 aa  282  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.22 
 
 		 539 aa  281  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  33.11 
 
 		 537 aa  277  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  33.11 
 
 		 537 aa  277  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  33.11 
 
 		 537 aa  277  6e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  33.11 
 
 		 537 aa  276  8e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  33.11 
 
 		 537 aa  276  8e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  33.11 
 
 		 537 aa  276  8e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  33.11 
 
 		 537 aa  276  8e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.18 
 
 		 545 aa  272  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.97 
 
 		 552 aa  252  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.05 
 
 		 544 aa  249  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.48 
 
 		 550 aa  248  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  31.12 
 
 		 551 aa  239  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.9 
 
 		 533 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.9 
 
 		 533 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.9 
 
 		 533 aa  232  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.1 
 
 		 534 aa  215  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.85 
 
 		 531 aa  195  3e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 		 545 aa  182  2e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.76 
 
 		 533 aa  168  4e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.99 
 
 		 526 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.21 
 
 		 556 aa  146  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.96 
 
 		 556 aa  144  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  25.64 
 
 		 528 aa  141  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.6 
 
 		 573 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27.99 
 
 		 547 aa  134  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.33 
 
 		 573 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 		 527 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  28.01 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.39 
 
 		 547 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.52 
 
 		 525 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  28.01 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  28.01 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.15 
 
 		 522 aa  132  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.31 
 
 		 547 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.92 
 
 		 522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.9 
 
 		 553 aa  129  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.52 
 
 		 548 aa  127  7e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.64 
 
 		 579 aa  126  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 		 553 aa  124  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 		 572 aa  123  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  25.47 
 
 		 549 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.2 
 
 		 548 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 		 526 aa  120  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.27 
 
 		 579 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.96 
 
 		 561 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  25.89 
 
 		 573 aa  118  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.56 
 
 		 522 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.8 
 
 		 527 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.53 
 
 		 518 aa  117  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.1 
 
 		 566 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  22.79 
 
 		 561 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  23.83 
 
 		 565 aa  115  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.32 
 
 		 526 aa  115  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.45 
 
 		 556 aa  114  8.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  25.49 
 
 		 539 aa  113  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.17 
 
 		 523 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3718  hypothetical protein  25.4 
 
 		 483 aa  112  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.38 
 
 		 550 aa  112  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3452  hypothetical protein  25.4 
 
 		 480 aa  111  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0700524  normal  0.443587 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  23.38 
 
 		 550 aa  111  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  23.69 
 
 		 558 aa  110  8.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.36 
 
 		 570 aa  110  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1977  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit  23.34 
 
 		 480 aa  110  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000336524 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 		 563 aa  110  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.18 
 
 		 561 aa  109  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  25.86 
 
 		 523 aa  108  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.24 
 
 		 522 aa  108  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  25.15 
 
 		 573 aa  106  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.43 
 
 		 565 aa  107  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.19 
 
 		 515 aa  106  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  23.36 
 
 		 528 aa  105  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.57 
 
 		 534 aa  105  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.97 
 
 		 522 aa  105  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 559 aa  105  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>