More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1679 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  100 
 
 		 767 aa  1563    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  39.9 
 
 		 779 aa  532  1e-149  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  37.89 
 
 		 796 aa  472  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  42.11 
 
 		 861 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  41.79 
 
 		 822 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  39.77 
 
 		 868 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  39.97 
 
 		 870 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  33.38 
 
 		 792 aa  414  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  38.22 
 
 		 769 aa  399  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  30.37 
 
 		 754 aa  311  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  29.59 
 
 		 749 aa  305  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  34.11 
 
 		 657 aa  301  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  31.97 
 
 		 656 aa  294  4e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  32.3 
 
 		 614 aa  290  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  30.73 
 
 		 653 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  34.26 
 
 		 667 aa  282  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  31.21 
 
 		 667 aa  279  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  29.7 
 
 		 760 aa  278  4e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  30.2 
 
 		 621 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  30.03 
 
 		 621 aa  270  7e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  32.12 
 
 		 662 aa  268  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  30.38 
 
 		 621 aa  269  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  29.54 
 
 		 625 aa  267  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  33.22 
 
 		 812 aa  263  6e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  30.29 
 
 		 698 aa  263  8e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  31.21 
 
 		 789 aa  259  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  30.92 
 
 		 615 aa  247  6e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  30.15 
 
 		 734 aa  246  9e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  25 
 
 		 764 aa  187  6e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  28.82 
 
 		 596 aa  179  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  25.35 
 
 		 944 aa  124  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.84 
 
 		 894 aa  119  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  24.29 
 
 		 987 aa  118  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  24.26 
 
 		 926 aa  114  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  24.53 
 
 		 870 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  24.1 
 
 		 891 aa  111  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  24.75 
 
 		 946 aa  111  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  25.15 
 
 		 660 aa  107  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  24.88 
 
 		 808 aa  107  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 		 580 aa  106  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  24.88 
 
 		 589 aa  104  5e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  23.67 
 
 		 578 aa  104  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  24.29 
 
 		 630 aa  104  7e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 		 689 aa  103  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  27.78 
 
 		 733 aa  103  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  23.41 
 
 		 636 aa  102  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  22.59 
 
 		 718 aa  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  25.52 
 
 		 547 aa  101  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  24.45 
 
 		 729 aa  100  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  24.16 
 
 		 658 aa  98.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  22.01 
 
 		 657 aa  98.2  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.88 
 
 		 874 aa  97.8  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  24.15 
 
 		 745 aa  97.8  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  26.06 
 
 		 819 aa  97.4  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  23.45 
 
 		 704 aa  97.4  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  25.12 
 
 		 591 aa  96.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  25.51 
 
 		 864 aa  96.3  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  22.12 
 
 		 1421 aa  96.3  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  26.28 
 
 		 740 aa  95.5  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  25.12 
 
 		 567 aa  95.9  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  23.36 
 
 		 684 aa  94.7  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  26.09 
 
 		 736 aa  94.7  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  22.59 
 
 		 718 aa  94.4  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  27.15 
 
 		 670 aa  94.4  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  25.17 
 
 		 696 aa  94  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  24.78 
 
 		 655 aa  94  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  23.4 
 
 		 715 aa  94  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06090  type II and III secretion system protein  33.33 
 
 		 881 aa  93.2  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  24.68 
 
 		 716 aa  92.8  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  25.85 
 
 		 763 aa  93.2  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  24.47 
 
 		 640 aa  93.2  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  23.13 
 
 		 684 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  23.5 
 
 		 672 aa  93.2  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  28.28 
 
 		 686 aa  92.8  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  23.86 
 
 		 675 aa  92.4  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  23.84 
 
 		 684 aa  92.4  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.04 
 
 		 752 aa  92  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  25.17 
 
 		 776 aa  91.7  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  22.64 
 
 		 723 aa  91.3  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  23.2 
 
 		 712 aa  91.3  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  22.64 
 
 		 413 aa  91.3  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  29.94 
 
 		 720 aa  90.9  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  22.46 
 
 		 426 aa  91.3  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  25 
 
 		 668 aa  90.9  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.84 
 
 		 684 aa  90.5  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  24.26 
 
 		 783 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  23.99 
 
 		 710 aa  90.5  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  27.71 
 
 		 681 aa  90.5  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  24 
 
 		 683 aa  90.1  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  23.36 
 
 		 692 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  22.38 
 
 		 655 aa  89.7  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  23.43 
 
 		 787 aa  89.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  22.52 
 
 		 915 aa  89.7  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  25.42 
 
 		 781 aa  89.4  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  22.88 
 
 		 685 aa  89.7  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  22.97 
 
 		 433 aa  89  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  24.68 
 
 		 704 aa  89  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  25.35 
 
 		 681 aa  88.6  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  24.62 
 
 		 640 aa  88.2  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  22.72 
 
 		 538 aa  88.2  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>