More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1439 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  100 
 
 		 656 aa  1312    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  45.99 
 
 		 749 aa  532  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  44.31 
 
 		 653 aa  499  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  45.24 
 
 		 754 aa  484  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  45.23 
 
 		 614 aa  482  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  41.67 
 
 		 667 aa  474  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  42.71 
 
 		 657 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  45.01 
 
 		 667 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  41.32 
 
 		 625 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  44.62 
 
 		 789 aa  442  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  40.56 
 
 		 621 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  39.78 
 
 		 621 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  40.51 
 
 		 621 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  44.26 
 
 		 734 aa  431  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  38.69 
 
 		 760 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  45.28 
 
 		 698 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  42.52 
 
 		 615 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  40.17 
 
 		 812 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  39.03 
 
 		 662 aa  380  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  33.93 
 
 		 822 aa  316  9e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  32.39 
 
 		 861 aa  299  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  33 
 
 		 870 aa  299  1e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  33.05 
 
 		 868 aa  298  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  30.65 
 
 		 796 aa  284  5.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  35.19 
 
 		 596 aa  283  6.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  32.54 
 
 		 779 aa  282  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  31.83 
 
 		 767 aa  279  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  31.54 
 
 		 769 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  32.57 
 
 		 792 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  25.89 
 
 		 764 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  27.87 
 
 		 944 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  27.63 
 
 		 580 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  26.62 
 
 		 864 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  25.56 
 
 		 870 aa  127  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  25.47 
 
 		 578 aa  121  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  26.33 
 
 		 926 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.52 
 
 		 894 aa  120  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  25.68 
 
 		 589 aa  120  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  26.94 
 
 		 946 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  28.31 
 
 		 684 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  28.34 
 
 		 684 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  25.92 
 
 		 893 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  27.87 
 
 		 684 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  25.18 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  24.21 
 
 		 891 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  26.13 
 
 		 692 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.87 
 
 		 684 aa  115  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.57 
 
 		 685 aa  114  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  24.89 
 
 		 808 aa  114  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  26.68 
 
 		 682 aa  114  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.39 
 
 		 696 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  28.88 
 
 		 547 aa  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  26.43 
 
 		 682 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  26.7 
 
 		 682 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  24.34 
 
 		 1421 aa  112  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  31.68 
 
 		 484 aa  112  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  28.24 
 
 		 641 aa  112  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  25.75 
 
 		 704 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 635 aa  111  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  27.76 
 
 		 660 aa  110  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  26.85 
 
 		 683 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  26.32 
 
 		 689 aa  110  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  26.85 
 
 		 683 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  27.21 
 
 		 683 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  26.85 
 
 		 683 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  24.32 
 
 		 636 aa  110  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  24.46 
 
 		 657 aa  109  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  26.59 
 
 		 433 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  30.15 
 
 		 482 aa  109  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  25.23 
 
 		 887 aa  109  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  25.26 
 
 		 655 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  31.8 
 
 		 711 aa  109  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  24 
 
 		 987 aa  108  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  27.01 
 
 		 683 aa  108  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  24.33 
 
 		 630 aa  108  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.65 
 
 		 874 aa  108  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  25.23 
 
 		 882 aa  108  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  25.23 
 
 		 887 aa  108  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  28.04 
 
 		 706 aa  107  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  26.03 
 
 		 412 aa  107  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  26.15 
 
 		 412 aa  106  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  26.82 
 
 		 683 aa  106  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  25.79 
 
 		 412 aa  106  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  24.27 
 
 		 424 aa  106  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  26.15 
 
 		 412 aa  106  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  25.79 
 
 		 412 aa  106  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  25.79 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  25.79 
 
 		 412 aa  106  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  26.15 
 
 		 412 aa  106  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  31.88 
 
 		 493 aa  106  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  28.82 
 
 		 640 aa  105  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  26.27 
 
 		 697 aa  105  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  26.07 
 
 		 672 aa  105  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  25.42 
 
 		 413 aa  104  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  26.42 
 
 		 386 aa  104  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  25.11 
 
 		 699 aa  103  7e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  26.28 
 
 		 655 aa  103  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  27.45 
 
 		 710 aa  104  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.02 
 
 		 630 aa  103  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  24.82 
 
 		 688 aa  103  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>