More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1859 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  61.72 
 
 		 868 aa  771    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  64.28 
 
 		 822 aa  1084    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  61.18 
 
 		 870 aa  755    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 861 aa  1727    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  55.91 
 
 		 769 aa  701    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  56.66 
 
 		 796 aa  922    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  55.35 
 
 		 792 aa  625  1e-177  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  42.11 
 
 		 767 aa  462  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  32.48 
 
 		 779 aa  392  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  35.44 
 
 		 667 aa  340  5e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  31.99 
 
 		 656 aa  319  1e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  32.39 
 
 		 653 aa  318  3e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  34.01 
 
 		 614 aa  317  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  31.25 
 
 		 749 aa  314  4.999999999999999e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  31.58 
 
 		 754 aa  314  5.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  34.25 
 
 		 657 aa  313  1e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  32.94 
 
 		 621 aa  303  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  32.78 
 
 		 621 aa  302  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  31.66 
 
 		 760 aa  301  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  33.11 
 
 		 621 aa  299  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  33.67 
 
 		 625 aa  299  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  35.13 
 
 		 667 aa  290  8e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  31.88 
 
 		 812 aa  290  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  36.4 
 
 		 698 aa  286  1.0000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  32.18 
 
 		 662 aa  286  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  32.45 
 
 		 615 aa  282  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  32.28 
 
 		 734 aa  281  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  32.41 
 
 		 789 aa  273  7e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  27.97 
 
 		 596 aa  189  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  28.3 
 
 		 764 aa  180  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  27.06 
 
 		 580 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  27.78 
 
 		 547 aa  125  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  24.23 
 
 		 870 aa  118  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  23.1 
 
 		 891 aa  115  5e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  24.53 
 
 		 808 aa  115  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  25.11 
 
 		 689 aa  113  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  22.65 
 
 		 944 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2522  TPR repeat-containing protein  22.15 
 
 		 619 aa  112  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  24.42 
 
 		 915 aa  111  7.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  24.49 
 
 		 684 aa  111  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  22.65 
 
 		 727 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  24.82 
 
 		 1421 aa  110  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  24.3 
 
 		 684 aa  110  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  24.44 
 
 		 684 aa  108  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_003296  RS02594  outer membrane channel signal peptide protein  31.56 
 
 		 454 aa  106  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  24.43 
 
 		 699 aa  106  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.65 
 
 		 819 aa  106  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  23.46 
 
 		 591 aa  106  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  38.27 
 
 		 494 aa  106  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3654  pilus assembly protein  30.63 
 
 		 473 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  24.22 
 
 		 864 aa  105  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  23.48 
 
 		 683 aa  105  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  28.67 
 
 		 696 aa  105  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  24.65 
 
 		 682 aa  105  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  22.94 
 
 		 523 aa  104  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2703  type II and III secretion system protein  32.31 
 
 		 386 aa  104  9e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  22.42 
 
 		 578 aa  103  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.41 
 
 		 685 aa  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5409  type II and III secretion system protein  29.23 
 
 		 469 aa  103  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.28985  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  22.3 
 
 		 413 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  24.07 
 
 		 683 aa  103  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2704  type II/III secretion system protein  28.93 
 
 		 478 aa  102  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2326  type II and III secretion system protein  28.93 
 
 		 478 aa  102  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.434108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  24.88 
 
 		 668 aa  102  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  22.57 
 
 		 567 aa  102  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  22.66 
 
 		 926 aa  101  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  22.73 
 
 		 894 aa  101  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1057  type II and III secretion system protein  30.94 
 
 		 451 aa  101  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3204  type II and III secretion system protein  29.89 
 
 		 451 aa  101  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.154583 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  23.89 
 
 		 711 aa  101  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  21.6 
 
 		 987 aa  100  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  22.04 
 
 		 616 aa  100  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  22.04 
 
 		 575 aa  100  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  22.51 
 
 		 576 aa  100  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  22.04 
 
 		 527 aa  99.8  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4358  type II and III secretion system protein  29.73 
 
 		 454 aa  99.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.970058 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  27.96 
 
 		 810 aa  100  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4248  type II and III secretion system protein  29.73 
 
 		 454 aa  99.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.218711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  26.05 
 
 		 660 aa  99.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  27.74 
 
 		 775 aa  100  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.5 
 
 		 684 aa  99  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.67 
 
 		 874 aa  99.4  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  22.14 
 
 		 704 aa  99  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  27.74 
 
 		 775 aa  99.4  3e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  23.11 
 
 		 682 aa  98.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1112  competence protein E  25 
 
 		 377 aa  98.2  6e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0144354  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  23.43 
 
 		 692 aa  97.8  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  24.83 
 
 		 683 aa  97.8  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  22.78 
 
 		 946 aa  97.8  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  29.87 
 
 		 697 aa  97.4  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  27.42 
 
 		 794 aa  97.4  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2072  type II and III secretion system protein  28.92 
 
 		 492 aa  97.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00565214  normal  0.624153 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  22.33 
 
 		 424 aa  97.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  22.46 
 
 		 657 aa  96.3  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  23.24 
 
 		 630 aa  96.7  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  21.95 
 
 		 683 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  21.95 
 
 		 683 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  23.68 
 
 		 636 aa  96.3  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  22.88 
 
 		 462 aa  95.9  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 732 aa  95.5  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>