More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3216 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  100 
 
 		 667 aa  1349    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  49.77 
 
 		 749 aa  587  1e-166  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  42.26 
 
 		 656 aa  482  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  43.92 
 
 		 754 aa  476  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  42.88 
 
 		 653 aa  478  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  46.05 
 
 		 667 aa  472  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  42.81 
 
 		 614 aa  469  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  45.41 
 
 		 657 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  41.28 
 
 		 625 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  40.53 
 
 		 621 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  40.2 
 
 		 621 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  40.53 
 
 		 621 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  41.3 
 
 		 789 aa  414  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  39.3 
 
 		 760 aa  413  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  43.37 
 
 		 698 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  46.12 
 
 		 734 aa  409  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  39.81 
 
 		 662 aa  398  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  39.9 
 
 		 615 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  36.9 
 
 		 812 aa  362  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  34.49 
 
 		 822 aa  343  8e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  35.27 
 
 		 861 aa  340  5e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  34.44 
 
 		 868 aa  332  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  34.58 
 
 		 796 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  34.52 
 
 		 779 aa  321  3e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  31.59 
 
 		 870 aa  317  6e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  33.11 
 
 		 769 aa  278  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  34.29 
 
 		 596 aa  274  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  31.16 
 
 		 767 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  30.67 
 
 		 792 aa  262  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  28.02 
 
 		 764 aa  195  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  34.83 
 
 		 733 aa  139  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  27.71 
 
 		 1421 aa  137  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  28.4 
 
 		 894 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  27.79 
 
 		 864 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  26.65 
 
 		 944 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  26.58 
 
 		 882 aa  131  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  26.57 
 
 		 580 aa  130  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  26.12 
 
 		 926 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  24.68 
 
 		 870 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  26.13 
 
 		 887 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  26.18 
 
 		 946 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  26.13 
 
 		 887 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  26.15 
 
 		 891 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  27.73 
 
 		 808 aa  127  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  25.59 
 
 		 692 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  25.76 
 
 		 704 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  28.16 
 
 		 915 aa  124  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  30.29 
 
 		 775 aa  124  7e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  25.05 
 
 		 792 aa  123  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 		 751 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  25.23 
 
 		 893 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  29.97 
 
 		 775 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  24.72 
 
 		 756 aa  120  6e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  29.87 
 
 		 805 aa  120  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  24.94 
 
 		 547 aa  120  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  26.47 
 
 		 684 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  26.47 
 
 		 684 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  28.8 
 
 		 716 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  24.83 
 
 		 718 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  28.43 
 
 		 660 aa  119  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  27.79 
 
 		 640 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  30.52 
 
 		 807 aa  118  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  24.15 
 
 		 655 aa  118  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  23.83 
 
 		 987 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  26.24 
 
 		 684 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  28.33 
 
 		 682 aa  117  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.94 
 
 		 718 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  29.1 
 
 		 640 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  25.8 
 
 		 688 aa  115  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  25.28 
 
 		 523 aa  114  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  26.39 
 
 		 689 aa  114  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.39 
 
 		 684 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  24.94 
 
 		 682 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 		 683 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  28.97 
 
 		 780 aa  114  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.74 
 
 		 745 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  22.67 
 
 		 433 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  25.69 
 
 		 683 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  28.76 
 
 		 641 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  25.17 
 
 		 683 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2522  TPR repeat-containing protein  26.56 
 
 		 619 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  26.25 
 
 		 693 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  23.56 
 
 		 710 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  24.31 
 
 		 717 aa  112  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  24.27 
 
 		 729 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  28.17 
 
 		 696 aa  112  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  24.94 
 
 		 683 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  24.94 
 
 		 683 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  25.54 
 
 		 589 aa  112  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  24.94 
 
 		 683 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  28.85 
 
 		 714 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  27.54 
 
 		 758 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.52 
 
 		 685 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  22.82 
 
 		 424 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  30.29 
 
 		 803 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  27.92 
 
 		 705 aa  111  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  23.84 
 
 		 636 aa  110  7.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  26.77 
 
 		 662 aa  110  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  30.49 
 
 		 700 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  30.49 
 
 		 700 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>