More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1057 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3204  type II and III secretion system protein  93.79 
 
 		 451 aa  854    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.154583 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1057  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 451 aa  903    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  53.4 
 
 		 494 aa  457  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2703  type II and III secretion system protein  46.79 
 
 		 386 aa  355  1e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  36.39 
 
 		 495 aa  201  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  33.97 
 
 		 466 aa  200  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  35.48 
 
 		 517 aa  199  9e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  33.48 
 
 		 482 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  33.11 
 
 		 484 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  34.52 
 
 		 497 aa  190  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2549  type II and III secretion system protein  32.56 
 
 		 514 aa  189  8e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  33.99 
 
 		 493 aa  189  9e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  31.29 
 
 		 496 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  32.56 
 
 		 464 aa  186  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  33.8 
 
 		 633 aa  186  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  35.02 
 
 		 461 aa  186  9e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  34.78 
 
 		 461 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  33.41 
 
 		 620 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  34.37 
 
 		 663 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  32.05 
 
 		 482 aa  184  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  32.86 
 
 		 479 aa  182  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  34.3 
 
 		 461 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  32.49 
 
 		 477 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0793  type II and III secretion system protein  33.25 
 
 		 571 aa  176  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00997149  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  30.68 
 
 		 466 aa  176  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  33.18 
 
 		 474 aa  176  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  30.23 
 
 		 530 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  32.9 
 
 		 679 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  31.91 
 
 		 490 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  30.16 
 
 		 652 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  29.35 
 
 		 478 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  28.91 
 
 		 483 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  32.14 
 
 		 657 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  29.89 
 
 		 574 aa  169  7e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  31.77 
 
 		 656 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  32.48 
 
 		 507 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  32.16 
 
 		 690 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  32.16 
 
 		 690 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  34.18 
 
 		 646 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  31.85 
 
 		 642 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  31.85 
 
 		 642 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  31.88 
 
 		 690 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  32.24 
 
 		 460 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  27.72 
 
 		 700 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  30.82 
 
 		 460 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  33.95 
 
 		 484 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0548  type II and III secretion system protein  29.02 
 
 		 603 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  33.95 
 
 		 487 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  32.55 
 
 		 480 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1519  type II and III secretion system protein  31.88 
 
 		 504 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0070  type II and III secretion system protein  30.7 
 
 		 461 aa  160  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.838423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  30.6 
 
 		 479 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1403  type II and III secretion system protein  31.32 
 
 		 444 aa  160  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4445  type II and III secretion system protein  31.7 
 
 		 457 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  30.59 
 
 		 460 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  31.1 
 
 		 491 aa  158  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002644  type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC associated with Flp pilus assembly  29.54 
 
 		 487 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  28.1 
 
 		 595 aa  157  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  30.82 
 
 		 526 aa  156  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0655  outer membrane channel protein  27.61 
 
 		 634 aa  156  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.885837  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_003296  RS02594  outer membrane channel signal peptide protein  32.47 
 
 		 454 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  30.22 
 
 		 461 aa  154  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549017 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4358  type II and III secretion system protein  32.13 
 
 		 454 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.970058 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4248  type II and III secretion system protein  32.13 
 
 		 454 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.218711 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0246  type II and III secretion system protein  30.29 
 
 		 714 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1653  type II and III secretion system protein  32.56 
 
 		 468 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.745375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  32.21 
 
 		 480 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0794  type II and III secretion system protein  32.63 
 
 		 622 aa  151  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4661  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  32.3 
 
 		 443 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000794738  hitchhiker  0.00340482 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2542  type II/III secretion system protein  33.25 
 
 		 441 aa  150  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  30.5 
 
 		 539 aa  150  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2798  putative outer membrane channel signal peptide protein, CpaC like  32.3 
 
 		 454 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.395631 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  30.43 
 
 		 455 aa  150  5e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  32.05 
 
 		 493 aa  149  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7031  putative pilus assembly protein cpaC  28.99 
 
 		 497 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157408  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  30.59 
 
 		 486 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1732  type II and III secretion system protein  30.36 
 
 		 443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.793195  hitchhiker  0.00000430206 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  31.76 
 
 		 491 aa  148  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1497  type II and III secretion system protein  33.16 
 
 		 443 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0318341  hitchhiker  0.0000037114 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1041  type II and III secretion system protein  33.16 
 
 		 443 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00604679  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1521  type II and III secretion system protein  33.16 
 
 		 443 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00384422  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1290  type II/III secretion system protein  32.59 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1789  type II/III secretion system protein  32.59 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1048  type II/III secretion system protein  32.59 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.827787  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  29.05 
 
 		 493 aa  145  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1941  type II/III secretion system protein  32.59 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0187984  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1768  type II/III secretion system protein  32.59 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.477043  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0117  type II/III secretion system protein  32.59 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.821295  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0217  component of type IV pilus  27.55 
 
 		 525 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4193  type II and III secretion system protein  32.09 
 
 		 545 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1778  type II/III secretion system protein  32.59 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1658  type II and III secretion system protein  31.73 
 
 		 483 aa  143  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0481  type II and III secretion system protein  30.9 
 
 		 491 aa  143  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3352  type II and III secretion system protein  29.93 
 
 		 524 aa  143  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.78669 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1642  type II and III secretion system protein  30.66 
 
 		 453 aa  142  8e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00375821  normal  0.501633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4476  type II and III secretion system protein  27.03 
 
 		 499 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.988373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  31.14 
 
 		 492 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2704  type II/III secretion system protein  31.34 
 
 		 478 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2326  type II and III secretion system protein  31.34 
 
 		 478 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.434108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0659  type II secretion system protein  28.66 
 
 		 461 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.876667  normal  0.112113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>