More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0647 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  63.76 
 
 		 663 aa  753    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  75.52 
 
 		 633 aa  830    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 620 aa  1221    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  65.64 
 
 		 642 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  66.27 
 
 		 652 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  65.64 
 
 		 642 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  65.25 
 
 		 646 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  66.2 
 
 		 656 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  65.8 
 
 		 657 aa  595  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  65.11 
 
 		 690 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  65.44 
 
 		 690 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  65.44 
 
 		 690 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  68.27 
 
 		 679 aa  560  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0655  outer membrane channel protein  55.79 
 
 		 634 aa  537  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.885837  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0548  type II and III secretion system protein  54.96 
 
 		 603 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  57.34 
 
 		 700 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  56.67 
 
 		 595 aa  514  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2549  type II and III secretion system protein  43.99 
 
 		 514 aa  385  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1519  type II and III secretion system protein  47.63 
 
 		 504 aa  343  4e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  43.94 
 
 		 574 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0793  type II and III secretion system protein  39.37 
 
 		 571 aa  332  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00997149  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  41.01 
 
 		 482 aa  290  5.0000000000000004e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  38.55 
 
 		 483 aa  270  5e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  38.8 
 
 		 482 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  39.05 
 
 		 484 aa  268  2e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  37.95 
 
 		 478 aa  264  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  37.35 
 
 		 493 aa  253  7e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0799  type II secretion system protein  36.01 
 
 		 486 aa  253  9.000000000000001e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  36.16 
 
 		 491 aa  252  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0659  type II secretion system protein  34.3 
 
 		 461 aa  244  3.9999999999999997e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.876667  normal  0.112113 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  37.2 
 
 		 461 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  36.47 
 
 		 461 aa  241  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  36.47 
 
 		 461 aa  241  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  36 
 
 		 517 aa  233  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  34.98 
 
 		 497 aa  230  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  36.81 
 
 		 455 aa  229  8e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002644  type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC associated with Flp pilus assembly  36.61 
 
 		 487 aa  226  8e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  36.52 
 
 		 460 aa  226  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  34.36 
 
 		 539 aa  226  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  36.43 
 
 		 474 aa  225  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  38.34 
 
 		 479 aa  224  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  34.86 
 
 		 507 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  36.96 
 
 		 473 aa  222  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  37.79 
 
 		 460 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  35.73 
 
 		 466 aa  221  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  33.97 
 
 		 493 aa  220  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  36.06 
 
 		 460 aa  219  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  35.97 
 
 		 492 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  34.62 
 
 		 493 aa  218  4e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7031  putative pilus assembly protein cpaC  34.19 
 
 		 497 aa  217  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157408  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  34.2 
 
 		 486 aa  216  9e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  35.88 
 
 		 482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  35.88 
 
 		 482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  35.88 
 
 		 482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  35.88 
 
 		 482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  35.88 
 
 		 482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  35.88 
 
 		 482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2703  type II and III secretion system protein  35.27 
 
 		 499 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.523249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  33.79 
 
 		 479 aa  212  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3352  type II and III secretion system protein  32.37 
 
 		 524 aa  211  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.78669 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0217  component of type IV pilus  32.33 
 
 		 525 aa  211  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  33.03 
 
 		 480 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  30.9 
 
 		 490 aa  208  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  35.02 
 
 		 480 aa  208  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  33.18 
 
 		 491 aa  208  3e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0800  type II and III secretion system protein  33.12 
 
 		 510 aa  206  9e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  32.61 
 
 		 477 aa  206  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3713  type II and III secretion system protein  32.95 
 
 		 492 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  36.07 
 
 		 496 aa  204  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  32.74 
 
 		 464 aa  205  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0723  type II and III secretion system protein  32.29 
 
 		 507 aa  204  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0315649  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  31.96 
 
 		 466 aa  204  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4193  type II and III secretion system protein  33.41 
 
 		 545 aa  203  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2480  type II and III secretion system protein  32.94 
 
 		 502 aa  203  9e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.906186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2408  type II and III secretion system protein  33.03 
 
 		 502 aa  203  9e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  33.56 
 
 		 526 aa  200  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5683  putative pilus assembly protein cpaC  31.96 
 
 		 489 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  34.33 
 
 		 494 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2384  type II and III secretion system protein  33.33 
 
 		 501 aa  198  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0712341  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  34.25 
 
 		 530 aa  194  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4188  type II and III secretion system protein  31.85 
 
 		 499 aa  193  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0070  type II and III secretion system protein  35.1 
 
 		 461 aa  192  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.838423 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  32.29 
 
 		 495 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4476  type II and III secretion system protein  31.78 
 
 		 499 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.988373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3997  type II and III secretion system protein  33.63 
 
 		 516 aa  189  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3204  type II and III secretion system protein  33.49 
 
 		 451 aa  188  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.154583 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  30.97 
 
 		 487 aa  187  6e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1057  type II and III secretion system protein  33.41 
 
 		 451 aa  187  6e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5549  type II and III secretion system protein  29.14 
 
 		 512 aa  186  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00090409 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3654  pilus assembly protein  33.33 
 
 		 473 aa  184  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  30.98 
 
 		 484 aa  184  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2827  type II and III secretion system protein  32.52 
 
 		 494 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.59291  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4248  type II and III secretion system protein  34.48 
 
 		 454 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.218711 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4358  type II and III secretion system protein  34.48 
 
 		 454 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.970058 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0306  type II and III secretion system protein  31.16 
 
 		 463 aa  180  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  30.83 
 
 		 475 aa  180  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0667  type II and III secretion system protein  30.7 
 
 		 478 aa  180  8e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703933  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3791  type II and III secretion system protein  31.19 
 
 		 546 aa  179  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.78564 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0481  type II and III secretion system protein  33.1 
 
 		 491 aa  175  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4391  type II and III secretion system protein  38.23 
 
 		 416 aa  172  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260079  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>