More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1836 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 494 aa  986    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3204  type II and III secretion system protein  53.47 
 
 		 451 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.154583 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1057  type II and III secretion system protein  52.76 
 
 		 451 aa  462  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2703  type II and III secretion system protein  54.39 
 
 		 386 aa  332  1e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  34.33 
 
 		 620 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  35.18 
 
 		 642 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  35.18 
 
 		 646 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  35.18 
 
 		 642 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  32.35 
 
 		 482 aa  193  7e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  32.2 
 
 		 517 aa  193  8e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  32.59 
 
 		 595 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  33.55 
 
 		 633 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  30.64 
 
 		 466 aa  189  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  32.34 
 
 		 497 aa  187  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  33.69 
 
 		 461 aa  187  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  33.33 
 
 		 652 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  31.33 
 
 		 484 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  33.77 
 
 		 461 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  33.19 
 
 		 663 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  34.2 
 
 		 461 aa  183  6e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  33.89 
 
 		 657 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  34.11 
 
 		 656 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  31.84 
 
 		 574 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  31.58 
 
 		 493 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  30.7 
 
 		 482 aa  179  8e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0793  type II and III secretion system protein  32.69 
 
 		 571 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00997149  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  31.13 
 
 		 474 aa  175  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  30.7 
 
 		 700 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  33.12 
 
 		 690 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  33.12 
 
 		 690 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  31.92 
 
 		 495 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  32.48 
 
 		 679 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  32.91 
 
 		 690 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2549  type II and III secretion system protein  31.83 
 
 		 514 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 490 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0548  type II and III secretion system protein  30.19 
 
 		 603 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  30.63 
 
 		 530 aa  169  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0655  outer membrane channel protein  30.84 
 
 		 634 aa  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.885837  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  30.18 
 
 		 496 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  27.66 
 
 		 477 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  28.84 
 
 		 464 aa  163  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0800  type II and III secretion system protein  30.92 
 
 		 510 aa  162  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0799  type II secretion system protein  28.72 
 
 		 486 aa  161  3e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  27.87 
 
 		 483 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  26.94 
 
 		 466 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  30.69 
 
 		 539 aa  156  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0217  component of type IV pilus  30.4 
 
 		 525 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  30.63 
 
 		 507 aa  156  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0659  type II secretion system protein  29.63 
 
 		 461 aa  155  2e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.876667  normal  0.112113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  36.95 
 
 		 479 aa  155  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1519  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 504 aa  153  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  29.1 
 
 		 478 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  28.29 
 
 		 484 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  28.08 
 
 		 487 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  30.54 
 
 		 480 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  30.47 
 
 		 493 aa  149  8e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  30.09 
 
 		 479 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  29.41 
 
 		 526 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4476  type II and III secretion system protein  28.73 
 
 		 499 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.988373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0070  type II and III secretion system protein  29.63 
 
 		 461 aa  147  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.838423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4445  type II and III secretion system protein  29.88 
 
 		 457 aa  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0723  type II and III secretion system protein  27.81 
 
 		 507 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0315649  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  29.14 
 
 		 491 aa  145  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  27.27 
 
 		 460 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7031  putative pilus assembly protein cpaC  29.69 
 
 		 497 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157408  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4188  type II and III secretion system protein  28.94 
 
 		 499 aa  144  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2703  type II and III secretion system protein  29.76 
 
 		 499 aa  144  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.523249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  28.73 
 
 		 455 aa  143  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  27.43 
 
 		 460 aa  143  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1727  type II and III secretion system protein  27.87 
 
 		 520 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1653  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 468 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.745375 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2408  type II and III secretion system protein  29.89 
 
 		 502 aa  141  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  27.57 
 
 		 460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1642  type II and III secretion system protein  28.77 
 
 		 453 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00375821  normal  0.501633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  28.12 
 
 		 480 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3352  type II and III secretion system protein  29.05 
 
 		 524 aa  140  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.78669 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5549  type II and III secretion system protein  27.84 
 
 		 512 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00090409 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  29.73 
 
 		 486 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2480  type II and III secretion system protein  30.11 
 
 		 502 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.906186 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002644  type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC associated with Flp pilus assembly  26.53 
 
 		 487 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2798  putative outer membrane channel signal peptide protein, CpaC like  28.13 
 
 		 454 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.395631 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  27.94 
 
 		 493 aa  138  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3997  type II and III secretion system protein  26.61 
 
 		 516 aa  136  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  27.35 
 
 		 491 aa  135  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2384  type II and III secretion system protein  29 
 
 		 501 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0712341  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4661  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  27.71 
 
 		 443 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000794738  hitchhiker  0.00340482 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2827  type II and III secretion system protein  29.58 
 
 		 494 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.59291  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  44.31 
 
 		 1421 aa  134  5e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  29.31 
 
 		 475 aa  133  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02594  outer membrane channel signal peptide protein  33 
 
 		 454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  27.63 
 
 		 461 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549017 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0481  type II and III secretion system protein  33.99 
 
 		 491 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0794  type II and III secretion system protein  26.35 
 
 		 622 aa  129  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3713  type II and III secretion system protein  27.85 
 
 		 492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1497  type II and III secretion system protein  27.31 
 
 		 443 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0318341  hitchhiker  0.0000037114 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1041  type II and III secretion system protein  27.31 
 
 		 443 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00604679  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0605  type II and III secretion system protein  25.63 
 
 		 446 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3791  type II and III secretion system protein  28.63 
 
 		 546 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.78564 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1521  type II and III secretion system protein  27.31 
 
 		 443 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00384422  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4193  type II and III secretion system protein  27.35 
 
 		 545 aa  128  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>