More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4200 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 480 aa  968    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  69.43 
 
 		 493 aa  690    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7031  putative pilus assembly protein cpaC  70.82 
 
 		 497 aa  663    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157408  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  80 
 
 		 479 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3713  type II and III secretion system protein  73.49 
 
 		 492 aa  682    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  82.5 
 
 		 480 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  70.55 
 
 		 486 aa  709    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5683  putative pilus assembly protein cpaC  63.28 
 
 		 489 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2827  type II and III secretion system protein  48.7 
 
 		 494 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.59291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2384  type II and III secretion system protein  48.53 
 
 		 501 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0712341  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  47.58 
 
 		 491 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3791  type II and III secretion system protein  44.42 
 
 		 546 aa  375  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.78564 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2703  type II and III secretion system protein  44.89 
 
 		 499 aa  372  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.523249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2480  type II and III secretion system protein  44.27 
 
 		 502 aa  364  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.906186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2408  type II and III secretion system protein  43.81 
 
 		 502 aa  362  6e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  44.27 
 
 		 491 aa  355  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4193  type II and III secretion system protein  40.87 
 
 		 545 aa  337  2.9999999999999997e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0217  component of type IV pilus  41.2 
 
 		 525 aa  335  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3352  type II and III secretion system protein  40.04 
 
 		 524 aa  335  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.78669 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0723  type II and III secretion system protein  41.47 
 
 		 507 aa  329  6e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0315649  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3997  type II and III secretion system protein  40.5 
 
 		 516 aa  326  6e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5549  type II and III secretion system protein  41 
 
 		 512 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00090409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4476  type II and III secretion system protein  37.13 
 
 		 499 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.988373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4188  type II and III secretion system protein  37.4 
 
 		 499 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  35.13 
 
 		 493 aa  248  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  35.09 
 
 		 539 aa  242  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  35.36 
 
 		 484 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  34.88 
 
 		 466 aa  238  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  35.04 
 
 		 464 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  33.41 
 
 		 526 aa  234  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  33.25 
 
 		 482 aa  234  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  35.48 
 
 		 461 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  34.75 
 
 		 492 aa  232  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  35.09 
 
 		 461 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  34.19 
 
 		 482 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  34.19 
 
 		 482 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  34.19 
 
 		 482 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  34.19 
 
 		 482 aa  230  5e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  34.19 
 
 		 482 aa  230  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  34.19 
 
 		 482 aa  230  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  34.49 
 
 		 461 aa  229  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  34.95 
 
 		 460 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  35.11 
 
 		 460 aa  228  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  34.38 
 
 		 460 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  34.71 
 
 		 493 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  32.69 
 
 		 482 aa  218  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  33.1 
 
 		 517 aa  218  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  33.19 
 
 		 497 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  33.02 
 
 		 483 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  34.02 
 
 		 473 aa  212  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  33.58 
 
 		 478 aa  211  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  33.11 
 
 		 620 aa  211  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002644  type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC associated with Flp pilus assembly  31.98 
 
 		 487 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0548  type II and III secretion system protein  33.05 
 
 		 603 aa  207  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  33.33 
 
 		 652 aa  207  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  34.37 
 
 		 474 aa  206  9e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  34.87 
 
 		 646 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  34.87 
 
 		 642 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  34.87 
 
 		 642 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  33.91 
 
 		 633 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  31.52 
 
 		 474 aa  204  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0481  type II and III secretion system protein  34.1 
 
 		 491 aa  203  5e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0667  type II and III secretion system protein  33.71 
 
 		 478 aa  203  7e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703933  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  32.29 
 
 		 475 aa  202  7e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  32.24 
 
 		 595 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  35.01 
 
 		 656 aa  201  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  33.81 
 
 		 657 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  31.59 
 
 		 466 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  32.72 
 
 		 496 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  31.15 
 
 		 663 aa  196  7e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0306  type II and III secretion system protein  30.31 
 
 		 463 aa  194  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0655  outer membrane channel protein  31.13 
 
 		 634 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.885837  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  30.43 
 
 		 455 aa  189  8e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  32.38 
 
 		 679 aa  189  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  32.6 
 
 		 690 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  31.81 
 
 		 690 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  32.6 
 
 		 690 aa  188  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  31.54 
 
 		 507 aa  188  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  30.35 
 
 		 574 aa  188  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  30.75 
 
 		 700 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  30.17 
 
 		 477 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  31.06 
 
 		 490 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  32.52 
 
 		 479 aa  179  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  31.77 
 
 		 530 aa  178  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2549  type II and III secretion system protein  29.32 
 
 		 514 aa  174  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0793  type II and III secretion system protein  29.65 
 
 		 571 aa  174  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00997149  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1519  type II and III secretion system protein  31.78 
 
 		 504 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  30.61 
 
 		 461 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549017 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1642  type II and III secretion system protein  31.92 
 
 		 453 aa  169  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00375821  normal  0.501633 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0794  type II and III secretion system protein  29.21 
 
 		 622 aa  168  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0070  type II and III secretion system protein  29.84 
 
 		 461 aa  168  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.838423 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1403  type II and III secretion system protein  29.97 
 
 		 444 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  30.63 
 
 		 495 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4445  type II and III secretion system protein  30.49 
 
 		 457 aa  166  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2326  type II and III secretion system protein  28.98 
 
 		 478 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.434108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2704  type II/III secretion system protein  28.98 
 
 		 478 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  31.64 
 
 		 487 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0369  type II/III secretion system protein  29.41 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.117344  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  31.64 
 
 		 484 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1041  type II and III secretion system protein  29.51 
 
 		 443 aa  160  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00604679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>