More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3352 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0217  component of type IV pilus  68.16 
 
 		 525 aa  695    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3352  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 524 aa  1044    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.78669 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4476  type II and III secretion system protein  60.27 
 
 		 499 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.988373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4188  type II and III secretion system protein  58.72 
 
 		 499 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3997  type II and III secretion system protein  58.15 
 
 		 516 aa  525  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0723  type II and III secretion system protein  53.35 
 
 		 507 aa  501  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0315649  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5549  type II and III secretion system protein  49.22 
 
 		 512 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00090409 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  42.13 
 
 		 480 aa  353  5e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  41.24 
 
 		 491 aa  350  3e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  41.27 
 
 		 479 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  39.73 
 
 		 486 aa  344  2.9999999999999997e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7031  putative pilus assembly protein cpaC  40.73 
 
 		 497 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157408  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  38.2 
 
 		 480 aa  337  5e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  40.98 
 
 		 493 aa  330  3e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5683  putative pilus assembly protein cpaC  38.24 
 
 		 489 aa  329  7e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3713  type II and III secretion system protein  39.66 
 
 		 492 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2827  type II and III secretion system protein  40.16 
 
 		 494 aa  301  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.59291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2384  type II and III secretion system protein  37.83 
 
 		 501 aa  296  8e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0712341  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  36.38 
 
 		 491 aa  292  1e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3791  type II and III secretion system protein  37.83 
 
 		 546 aa  291  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.78564 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2703  type II and III secretion system protein  36.6 
 
 		 499 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.523249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2480  type II and III secretion system protein  35.71 
 
 		 502 aa  278  2e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.906186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2408  type II and III secretion system protein  35.18 
 
 		 502 aa  277  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4193  type II and III secretion system protein  33.94 
 
 		 545 aa  262  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  34.7 
 
 		 461 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  34.16 
 
 		 461 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  34.16 
 
 		 461 aa  227  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  32.39 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  31.06 
 
 		 484 aa  216  7e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  32.43 
 
 		 493 aa  213  7.999999999999999e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  32.91 
 
 		 466 aa  213  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  32.07 
 
 		 482 aa  211  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  32.27 
 
 		 620 aa  210  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  32.27 
 
 		 663 aa  209  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  34.34 
 
 		 474 aa  208  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  32.24 
 
 		 595 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  31.51 
 
 		 478 aa  207  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  31.35 
 
 		 633 aa  206  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  32.52 
 
 		 646 aa  205  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  31.71 
 
 		 700 aa  205  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  32.52 
 
 		 642 aa  205  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  32.52 
 
 		 642 aa  205  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002644  type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC associated with Flp pilus assembly  32.96 
 
 		 487 aa  204  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  29.85 
 
 		 483 aa  204  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  31.68 
 
 		 482 aa  204  4e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  32.63 
 
 		 539 aa  202  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  32.76 
 
 		 517 aa  201  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  30.41 
 
 		 652 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0548  type II and III secretion system protein  32.46 
 
 		 603 aa  197  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  32.68 
 
 		 574 aa  195  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  30.34 
 
 		 526 aa  194  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  30.97 
 
 		 656 aa  194  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  31.65 
 
 		 460 aa  193  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  30.31 
 
 		 657 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  32.94 
 
 		 473 aa  192  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  31.82 
 
 		 460 aa  192  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0655  outer membrane channel protein  28.77 
 
 		 634 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.885837  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  31.47 
 
 		 679 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0306  type II and III secretion system protein  31.99 
 
 		 463 aa  190  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  32.48 
 
 		 460 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  31.29 
 
 		 496 aa  189  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2549  type II and III secretion system protein  31.07 
 
 		 514 aa  189  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  32.16 
 
 		 495 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  28.44 
 
 		 493 aa  186  7e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0667  type II and III secretion system protein  31.65 
 
 		 478 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703933  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  31.6 
 
 		 690 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  31.6 
 
 		 690 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  30.9 
 
 		 482 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  30.9 
 
 		 482 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  30.9 
 
 		 482 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  30.9 
 
 		 492 aa  184  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  30.32 
 
 		 474 aa  184  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  30.9 
 
 		 482 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  30.9 
 
 		 482 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  30.9 
 
 		 482 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  31.38 
 
 		 690 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  31 
 
 		 475 aa  180  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  32.9 
 
 		 464 aa  179  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  29.61 
 
 		 530 aa  178  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  30.25 
 
 		 466 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0481  type II and III secretion system protein  28.25 
 
 		 491 aa  170  7e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  28.96 
 
 		 477 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0369  type II/III secretion system protein  29.38 
 
 		 445 aa  169  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.117344  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0799  type II secretion system protein  30.72 
 
 		 486 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  27.83 
 
 		 490 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  30.3 
 
 		 507 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0793  type II and III secretion system protein  29.28 
 
 		 571 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00997149  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0659  type II secretion system protein  29.79 
 
 		 461 aa  160  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.876667  normal  0.112113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  29.33 
 
 		 479 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1519  type II and III secretion system protein  31.03 
 
 		 504 aa  150  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  30.57 
 
 		 455 aa  146  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1727  type II and III secretion system protein  29.12 
 
 		 520 aa  144  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1057  type II and III secretion system protein  29.93 
 
 		 451 aa  143  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3204  type II and III secretion system protein  29.05 
 
 		 451 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.154583 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  29.03 
 
 		 484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  28.81 
 
 		 487 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  29.04 
 
 		 494 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0605  type II and III secretion system protein  26.85 
 
 		 446 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0800  type II and III secretion system protein  27.71 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  29.57 
 
 		 461 aa  136  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>