More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3713 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  73.47 
 
 		 493 aa  724    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  70.7 
 
 		 479 aa  689    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3713  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 492 aa  990    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5683  putative pilus assembly protein cpaC  68.75 
 
 		 489 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  72.19 
 
 		 480 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  70.2 
 
 		 486 aa  696    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  73.49 
 
 		 480 aa  689    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7031  putative pilus assembly protein cpaC  80.08 
 
 		 497 aa  782    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157408  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  47.43 
 
 		 491 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2827  type II and III secretion system protein  48.02 
 
 		 494 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.59291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2384  type II and III secretion system protein  49.11 
 
 		 501 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0712341  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2703  type II and III secretion system protein  45.92 
 
 		 499 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.523249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3791  type II and III secretion system protein  44.62 
 
 		 546 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.78564 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  46.98 
 
 		 491 aa  366  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2480  type II and III secretion system protein  44.37 
 
 		 502 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.906186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2408  type II and III secretion system protein  44.4 
 
 		 502 aa  355  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0723  type II and III secretion system protein  40.23 
 
 		 507 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0315649  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4193  type II and III secretion system protein  40.16 
 
 		 545 aa  338  9.999999999999999e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0217  component of type IV pilus  40.59 
 
 		 525 aa  329  7e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3352  type II and III secretion system protein  39.66 
 
 		 524 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.78669 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3997  type II and III secretion system protein  40.83 
 
 		 516 aa  327  3e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4188  type II and III secretion system protein  36.38 
 
 		 499 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4476  type II and III secretion system protein  37.05 
 
 		 499 aa  294  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.988373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5549  type II and III secretion system protein  37.77 
 
 		 512 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00090409 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  35.27 
 
 		 461 aa  243  7e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  34.62 
 
 		 461 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  34.56 
 
 		 461 aa  236  8e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  36.4 
 
 		 493 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  34.99 
 
 		 539 aa  232  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  34.31 
 
 		 464 aa  232  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  33.1 
 
 		 466 aa  231  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  33.77 
 
 		 482 aa  229  6e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  34.52 
 
 		 484 aa  226  7e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  35.45 
 
 		 493 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  34.54 
 
 		 492 aa  220  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  33.41 
 
 		 473 aa  219  7.999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  33.48 
 
 		 526 aa  219  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  34.55 
 
 		 482 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  34.19 
 
 		 652 aa  218  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  34.55 
 
 		 482 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  34.55 
 
 		 482 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  34.8 
 
 		 482 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  34.8 
 
 		 482 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  34.8 
 
 		 482 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  34.02 
 
 		 657 aa  217  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  33.11 
 
 		 478 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  33.71 
 
 		 656 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  33.79 
 
 		 460 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  32.12 
 
 		 460 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  33.49 
 
 		 642 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  33.49 
 
 		 642 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  31.62 
 
 		 460 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  33.49 
 
 		 646 aa  212  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  31.94 
 
 		 483 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  32.89 
 
 		 620 aa  209  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  32.89 
 
 		 497 aa  209  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  35 
 
 		 517 aa  209  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  32.14 
 
 		 474 aa  208  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0481  type II and III secretion system protein  35.99 
 
 		 491 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002644  type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC associated with Flp pilus assembly  32.94 
 
 		 487 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  33.1 
 
 		 482 aa  202  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  32.51 
 
 		 466 aa  202  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0548  type II and III secretion system protein  32.28 
 
 		 603 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  31.13 
 
 		 663 aa  200  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  30.8 
 
 		 474 aa  199  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  32.63 
 
 		 690 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  32.63 
 
 		 690 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  30.32 
 
 		 574 aa  195  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  32.33 
 
 		 690 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  31.97 
 
 		 496 aa  193  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  31.85 
 
 		 679 aa  192  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  31.79 
 
 		 595 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  32.23 
 
 		 633 aa  192  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  32.03 
 
 		 475 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0667  type II and III secretion system protein  30.08 
 
 		 478 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703933  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0655  outer membrane channel protein  30.85 
 
 		 634 aa  189  9e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.885837  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0306  type II and III secretion system protein  30.56 
 
 		 463 aa  189  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  36.05 
 
 		 479 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  31.06 
 
 		 477 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  31.25 
 
 		 455 aa  182  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  31.87 
 
 		 507 aa  182  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  32.11 
 
 		 530 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  30.75 
 
 		 700 aa  177  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2549  type II and III secretion system protein  30.07 
 
 		 514 aa  173  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0793  type II and III secretion system protein  31.24 
 
 		 571 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00997149  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  31.12 
 
 		 495 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1403  type II and III secretion system protein  30.71 
 
 		 444 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  29.71 
 
 		 490 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4661  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  29.98 
 
 		 443 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000794738  hitchhiker  0.00340482 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1521  type II and III secretion system protein  30.43 
 
 		 443 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00384422  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1497  type II and III secretion system protein  30.43 
 
 		 443 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0318341  hitchhiker  0.0000037114 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1041  type II and III secretion system protein  30.43 
 
 		 443 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00604679  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  30.54 
 
 		 461 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549017 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0369  type II/III secretion system protein  27.4 
 
 		 445 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.117344  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2542  type II/III secretion system protein  30.12 
 
 		 441 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1732  type II and III secretion system protein  29.36 
 
 		 443 aa  155  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.793195  hitchhiker  0.00000430206 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1768  type II/III secretion system protein  30.12 
 
 		 441 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.477043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1290  type II/III secretion system protein  30.12 
 
 		 432 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1941  type II/III secretion system protein  30.12 
 
 		 441 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0187984  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1778  type II/III secretion system protein  30.12 
 
 		 441 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>