More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0548 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0655  outer membrane channel protein  75.5 
 
 		 634 aa  794    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.885837  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0548  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 603 aa  1205    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  64.33 
 
 		 595 aa  601  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  60.26 
 
 		 700 aa  595  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  56.39 
 
 		 663 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  55.53 
 
 		 652 aa  538  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  54.68 
 
 		 646 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  54.87 
 
 		 642 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  54.87 
 
 		 642 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  54.39 
 
 		 656 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  57.32 
 
 		 620 aa  523  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  54.39 
 
 		 657 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  57.75 
 
 		 633 aa  511  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  58.65 
 
 		 679 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  58.43 
 
 		 690 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  58.43 
 
 		 690 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  58.43 
 
 		 690 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2549  type II and III secretion system protein  46.35 
 
 		 514 aa  424  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1519  type II and III secretion system protein  45.28 
 
 		 504 aa  355  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0793  type II and III secretion system protein  40.11 
 
 		 571 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00997149  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  42.86 
 
 		 574 aa  332  8e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  37.8 
 
 		 482 aa  267  5e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0659  type II secretion system protein  34.15 
 
 		 461 aa  253  8.000000000000001e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.876667  normal  0.112113 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0799  type II secretion system protein  36.21 
 
 		 486 aa  252  2e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  36.38 
 
 		 482 aa  251  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  34.62 
 
 		 483 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  33.26 
 
 		 493 aa  232  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  32.82 
 
 		 484 aa  229  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  31.37 
 
 		 491 aa  220  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  33.7 
 
 		 478 aa  220  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  34.52 
 
 		 517 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  32.55 
 
 		 486 aa  210  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  32.99 
 
 		 493 aa  209  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  34.69 
 
 		 460 aa  209  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  33.8 
 
 		 480 aa  207  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  31.02 
 
 		 491 aa  207  5e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  33.73 
 
 		 492 aa  206  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0800  type II and III secretion system protein  29.72 
 
 		 510 aa  206  1e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7031  putative pilus assembly protein cpaC  32.65 
 
 		 497 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157408  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  34.11 
 
 		 460 aa  205  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  34.18 
 
 		 455 aa  204  4e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  33.98 
 
 		 482 aa  203  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  33.98 
 
 		 482 aa  203  6e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  33.98 
 
 		 482 aa  203  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  33.98 
 
 		 482 aa  203  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  33.98 
 
 		 482 aa  203  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  33.98 
 
 		 482 aa  203  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002644  type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC associated with Flp pilus assembly  31.64 
 
 		 487 aa  203  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  32.78 
 
 		 460 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2703  type II and III secretion system protein  32.08 
 
 		 499 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.523249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  32.77 
 
 		 507 aa  201  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  30.93 
 
 		 479 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2408  type II and III secretion system protein  31.96 
 
 		 502 aa  200  6e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5683  putative pilus assembly protein cpaC  31.52 
 
 		 489 aa  199  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2384  type II and III secretion system protein  32.18 
 
 		 501 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0712341  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3713  type II and III secretion system protein  32.43 
 
 		 492 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0217  component of type IV pilus  31.52 
 
 		 525 aa  198  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  31.99 
 
 		 461 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2827  type II and III secretion system protein  32.73 
 
 		 494 aa  197  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.59291  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  31.76 
 
 		 461 aa  197  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  32.64 
 
 		 480 aa  197  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3997  type II and III secretion system protein  33.11 
 
 		 516 aa  197  7e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  31.53 
 
 		 461 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3352  type II and III secretion system protein  32.46 
 
 		 524 aa  196  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.78669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2480  type II and III secretion system protein  32.09 
 
 		 502 aa  194  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.906186 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0723  type II and III secretion system protein  31.65 
 
 		 507 aa  193  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0315649  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  30.53 
 
 		 466 aa  193  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  30.57 
 
 		 464 aa  192  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  32.77 
 
 		 479 aa  191  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  33.06 
 
 		 539 aa  191  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  29.89 
 
 		 474 aa  187  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3654  pilus assembly protein  35.37 
 
 		 473 aa  186  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  30.9 
 
 		 526 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  31 
 
 		 466 aa  185  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  30.29 
 
 		 497 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  31.84 
 
 		 473 aa  184  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  31.9 
 
 		 496 aa  180  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4476  type II and III secretion system protein  29.82 
 
 		 499 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.988373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5409  type II and III secretion system protein  41.51 
 
 		 469 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.28985  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  30.67 
 
 		 495 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3791  type II and III secretion system protein  29.78 
 
 		 546 aa  179  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.78564 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  31.11 
 
 		 493 aa  178  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  31.22 
 
 		 530 aa  177  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  28.91 
 
 		 490 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5549  type II and III secretion system protein  30.68 
 
 		 512 aa  176  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00090409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4188  type II and III secretion system protein  29.36 
 
 		 499 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0070  type II and III secretion system protein  31.12 
 
 		 461 aa  172  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.838423 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  30 
 
 		 487 aa  171  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  30.43 
 
 		 484 aa  171  5e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  30.19 
 
 		 494 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  28.78 
 
 		 477 aa  169  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  29.4 
 
 		 474 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3204  type II and III secretion system protein  29.02 
 
 		 451 aa  167  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.154583 
 
 
-
 
NC_003296  RS02594  outer membrane channel signal peptide protein  30.26 
 
 		 454 aa  166  8e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1057  type II and III secretion system protein  29.02 
 
 		 451 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0481  type II and III secretion system protein  32.14 
 
 		 491 aa  164  6e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4445  type II and III secretion system protein  35.92 
 
 		 457 aa  163  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0667  type II and III secretion system protein  30.48 
 
 		 478 aa  161  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703933  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  28.61 
 
 		 475 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0794  type II and III secretion system protein  28.19 
 
 		 622 aa  159  2e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>