More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1284 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  62.78 
 
 		 822 aa  791    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  94.33 
 
 		 870 aa  1181    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  55.73 
 
 		 796 aa  883    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  52.1 
 
 		 861 aa  825    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 868 aa  1743    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  55.21 
 
 		 769 aa  674    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  55.1 
 
 		 792 aa  630  1e-179  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  39.97 
 
 		 767 aa  431  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  30.68 
 
 		 779 aa  372  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  34.44 
 
 		 667 aa  327  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  37.52 
 
 		 657 aa  318  3e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  32.17 
 
 		 754 aa  312  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  32.94 
 
 		 656 aa  311  5e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  31.47 
 
 		 760 aa  308  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  33.11 
 
 		 614 aa  303  7.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  30.42 
 
 		 653 aa  303  8.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  37.82 
 
 		 698 aa  302  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  32.06 
 
 		 749 aa  301  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  33.81 
 
 		 667 aa  294  5e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  34.26 
 
 		 625 aa  292  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  33.06 
 
 		 621 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  32.9 
 
 		 621 aa  288  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  32.9 
 
 		 621 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  33.07 
 
 		 615 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  33.74 
 
 		 734 aa  283  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  31.57 
 
 		 812 aa  283  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  31.66 
 
 		 662 aa  280  8e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  37.72 
 
 		 789 aa  269  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 764 aa  202  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  29.54 
 
 		 596 aa  199  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  28.27 
 
 		 580 aa  140  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  27.51 
 
 		 578 aa  136  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  25.84 
 
 		 630 aa  131  6e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  28.47 
 
 		 547 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  26.67 
 
 		 891 aa  127  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  25.84 
 
 		 636 aa  127  7e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  25.67 
 
 		 657 aa  126  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  27.13 
 
 		 684 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  27.13 
 
 		 684 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  25 
 
 		 668 aa  125  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  25.89 
 
 		 683 aa  125  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  27.56 
 
 		 684 aa  125  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  25.51 
 
 		 682 aa  124  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  27.44 
 
 		 683 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  27.44 
 
 		 683 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  25.55 
 
 		 683 aa  124  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  27.44 
 
 		 683 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.42 
 
 		 685 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  26.81 
 
 		 683 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  25.58 
 
 		 683 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.55 
 
 		 684 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  26.6 
 
 		 689 aa  120  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  26.69 
 
 		 655 aa  120  9e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  31.95 
 
 		 660 aa  120  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  28.16 
 
 		 864 aa  120  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  25.51 
 
 		 688 aa  119  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  26.88 
 
 		 682 aa  118  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  24.94 
 
 		 682 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  25.94 
 
 		 870 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  25 
 
 		 727 aa  115  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  24.65 
 
 		 692 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  24.35 
 
 		 591 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2522  TPR repeat-containing protein  22.41 
 
 		 619 aa  112  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  25.4 
 
 		 808 aa  111  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  24 
 
 		 576 aa  108  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  23.88 
 
 		 567 aa  108  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.72 
 
 		 706 aa  108  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  24.3 
 
 		 616 aa  107  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  24.11 
 
 		 718 aa  107  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  23.83 
 
 		 575 aa  107  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  26.07 
 
 		 583 aa  107  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  23.84 
 
 		 706 aa  107  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.91 
 
 		 819 aa  107  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  25.66 
 
 		 726 aa  107  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  23.36 
 
 		 704 aa  106  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.78 
 
 		 718 aa  106  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  23.83 
 
 		 527 aa  106  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  24.65 
 
 		 944 aa  106  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  30.85 
 
 		 655 aa  106  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  24.07 
 
 		 523 aa  106  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  24.1 
 
 		 915 aa  105  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  23.74 
 
 		 711 aa  105  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  28.25 
 
 		 696 aa  105  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  25.23 
 
 		 711 aa  105  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.12 
 
 		 894 aa  104  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  26.21 
 
 		 729 aa  104  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.9 
 
 		 787 aa  104  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  23.16 
 
 		 723 aa  104  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  23.23 
 
 		 714 aa  103  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  30.35 
 
 		 689 aa  103  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  28.43 
 
 		 733 aa  103  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  24 
 
 		 893 aa  103  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  25.22 
 
 		 721 aa  103  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  25.66 
 
 		 792 aa  103  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  23.9 
 
 		 1421 aa  102  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  24.3 
 
 		 465 aa  102  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  24.3 
 
 		 462 aa  102  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  24.3 
 
 		 462 aa  102  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  24.3 
 
 		 462 aa  102  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  29.52 
 
 		 658 aa  102  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>