More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02977 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  100 
 
 		 754 aa  1520    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  42.3 
 
 		 698 aa  511  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  43.61 
 
 		 656 aa  493  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  40.14 
 
 		 749 aa  486  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  44.09 
 
 		 667 aa  481  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  45.38 
 
 		 667 aa  463  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  45.55 
 
 		 789 aa  457  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  47.65 
 
 		 657 aa  459  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  44.33 
 
 		 734 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  45.28 
 
 		 662 aa  443  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  35.23 
 
 		 760 aa  440  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  42.81 
 
 		 614 aa  438  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  41.72 
 
 		 625 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  37.93 
 
 		 653 aa  428  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  40.81 
 
 		 621 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  40.67 
 
 		 621 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  40.32 
 
 		 621 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  40.57 
 
 		 615 aa  375  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  40.13 
 
 		 812 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  31.97 
 
 		 822 aa  359  8e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  32.65 
 
 		 796 aa  358  1.9999999999999998e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  28.67 
 
 		 861 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  32.95 
 
 		 868 aa  317  4e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  28.24 
 
 		 779 aa  316  9.999999999999999e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  32.89 
 
 		 870 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  31.02 
 
 		 767 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  38.29 
 
 		 596 aa  306  1.0000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  34.32 
 
 		 769 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  29.55 
 
 		 792 aa  298  2e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  27.82 
 
 		 764 aa  222  1.9999999999999999e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  29.63 
 
 		 1421 aa  137  7.000000000000001e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  27.64 
 
 		 944 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.7 
 
 		 894 aa  135  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  25.97 
 
 		 891 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  26.88 
 
 		 580 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  26.46 
 
 		 926 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  26.16 
 
 		 870 aa  128  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  25.48 
 
 		 946 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  27.86 
 
 		 864 aa  126  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  25.88 
 
 		 589 aa  124  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  26.29 
 
 		 689 aa  124  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  26.95 
 
 		 684 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  26.95 
 
 		 684 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  26.95 
 
 		 684 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  27.45 
 
 		 523 aa  122  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.48 
 
 		 684 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  26.24 
 
 		 683 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  25.53 
 
 		 578 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  28.09 
 
 		 591 aa  119  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  28.27 
 
 		 808 aa  118  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  25.76 
 
 		 547 aa  117  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  27.6 
 
 		 567 aa  117  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  26.48 
 
 		 683 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  26.48 
 
 		 683 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  26.48 
 
 		 683 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  26.44 
 
 		 616 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.83 
 
 		 685 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  26.44 
 
 		 575 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  26.18 
 
 		 413 aa  116  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  26.44 
 
 		 527 aa  115  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  24.22 
 
 		 987 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  26 
 
 		 683 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  25.12 
 
 		 682 aa  114  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  26.42 
 
 		 420 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  25.65 
 
 		 688 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0540  type IV pilus secretin PilQ  27.52 
 
 		 636 aa  113  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.614076  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  27.14 
 
 		 465 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  25.53 
 
 		 683 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  26.89 
 
 		 462 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  26.89 
 
 		 462 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  24.12 
 
 		 657 aa  114  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  26.25 
 
 		 683 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  26.89 
 
 		 462 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  26.76 
 
 		 576 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  24.88 
 
 		 682 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  24.58 
 
 		 693 aa  111  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  27.16 
 
 		 412 aa  111  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  25.66 
 
 		 692 aa  111  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  24.82 
 
 		 682 aa  111  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  24.82 
 
 		 704 aa  110  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  27.16 
 
 		 412 aa  110  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  27.16 
 
 		 412 aa  110  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  27.16 
 
 		 412 aa  110  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  27.16 
 
 		 412 aa  110  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  25.28 
 
 		 630 aa  109  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.58 
 
 		 745 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  27.16 
 
 		 412 aa  109  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  24.77 
 
 		 636 aa  108  3e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2199  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 719 aa  108  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  27.46 
 
 		 553 aa  108  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  27.37 
 
 		 632 aa  107  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  26.91 
 
 		 412 aa  107  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  26.91 
 
 		 412 aa  107  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  23.32 
 
 		 717 aa  106  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  27.44 
 
 		 386 aa  107  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  27.27 
 
 		 543 aa  106  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  31.84 
 
 		 482 aa  106  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  26.81 
 
 		 543 aa  106  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  24.41 
 
 		 887 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  24.41 
 
 		 882 aa  105  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>