More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2459 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  65.08 
 
 		 614 aa  761    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  97.58 
 
 		 621 aa  1214    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 621 aa  1263    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  76.66 
 
 		 615 aa  856    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  97.42 
 
 		 621 aa  1212    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  90.89 
 
 		 625 aa  1125    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  46.32 
 
 		 667 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  40.56 
 
 		 656 aa  462  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  40.34 
 
 		 760 aa  448  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  39.87 
 
 		 667 aa  442  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  41.42 
 
 		 754 aa  437  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  37.95 
 
 		 749 aa  432  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  38.31 
 
 		 653 aa  428  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  37.07 
 
 		 657 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  41.51 
 
 		 698 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  38.45 
 
 		 789 aa  372  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  39.33 
 
 		 734 aa  365  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  39.06 
 
 		 662 aa  355  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  36.04 
 
 		 812 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  32.95 
 
 		 861 aa  311  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  33.83 
 
 		 868 aa  307  5.0000000000000004e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  32.58 
 
 		 870 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  33.78 
 
 		 822 aa  301  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  33.44 
 
 		 769 aa  288  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  30.55 
 
 		 796 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  29.7 
 
 		 779 aa  273  1e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  30.16 
 
 		 767 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  31.74 
 
 		 792 aa  264  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  33.41 
 
 		 596 aa  248  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  24.44 
 
 		 764 aa  167  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  27.8 
 
 		 1421 aa  125  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  27.54 
 
 		 870 aa  125  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  25.91 
 
 		 589 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  26.2 
 
 		 944 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  25.29 
 
 		 693 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  26.3 
 
 		 891 aa  115  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  26.32 
 
 		 926 aa  114  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2522  TPR repeat-containing protein  23 
 
 		 619 aa  114  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  27.4 
 
 		 640 aa  113  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.38 
 
 		 894 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  27.12 
 
 		 640 aa  111  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  26.83 
 
 		 689 aa  111  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  25.96 
 
 		 946 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  27.21 
 
 		 745 aa  111  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  27.65 
 
 		 716 aa  110  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  24.76 
 
 		 580 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  27.78 
 
 		 752 aa  110  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  28.06 
 
 		 641 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  28.11 
 
 		 655 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  25 
 
 		 433 aa  108  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  26.01 
 
 		 682 aa  106  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  26.24 
 
 		 660 aa  105  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  27.24 
 
 		 655 aa  103  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  27.89 
 
 		 703 aa  103  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  24.17 
 
 		 683 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  24.94 
 
 		 808 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  25.23 
 
 		 864 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  25.59 
 
 		 683 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  25.59 
 
 		 683 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  26.32 
 
 		 758 aa  102  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  27.25 
 
 		 775 aa  102  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  27.74 
 
 		 696 aa  102  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  28.93 
 
 		 696 aa  101  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1743  type II and III secretion system protein  28.81 
 
 		 1302 aa  101  4e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  29.15 
 
 		 686 aa  101  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  25.59 
 
 		 683 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  23.5 
 
 		 578 aa  101  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  26.95 
 
 		 775 aa  100  6e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  23.06 
 
 		 882 aa  100  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  24.75 
 
 		 697 aa  100  9e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  23.37 
 
 		 424 aa  99.8  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  24.57 
 
 		 460 aa  99.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  22.69 
 
 		 756 aa  100  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  24.57 
 
 		 458 aa  99.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  26.13 
 
 		 683 aa  99.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  29.64 
 
 		 733 aa  99.8  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.94 
 
 		 685 aa  99.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  23.19 
 
 		 547 aa  99.4  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  25.71 
 
 		 688 aa  99  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  24.57 
 
 		 500 aa  99.4  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  27.8 
 
 		 714 aa  99.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  23.92 
 
 		 987 aa  99  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  23.96 
 
 		 424 aa  98.2  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  25.35 
 
 		 683 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  26.01 
 
 		 751 aa  98.2  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  24.58 
 
 		 682 aa  97.8  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  29 
 
 		 681 aa  97.8  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  34.67 
 
 		 494 aa  97.4  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  28.17 
 
 		 819 aa  97.4  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  23.6 
 
 		 426 aa  97.4  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  22.83 
 
 		 887 aa  97.4  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  25.89 
 
 		 684 aa  97.4  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  25.32 
 
 		 673 aa  97.4  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  22.9 
 
 		 887 aa  97.1  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  25.99 
 
 		 787 aa  96.3  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  24.21 
 
 		 413 aa  97.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  25.45 
 
 		 635 aa  96.7  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  24.72 
 
 		 670 aa  96.7  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  25.89 
 
 		 684 aa  96.7  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  26.77 
 
 		 776 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>