More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3884 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 760 aa  1518    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  45.18 
 
 		 614 aa  468  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  39.68 
 
 		 698 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  43.49 
 
 		 667 aa  439  9.999999999999999e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  41.2 
 
 		 657 aa  437  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  35.54 
 
 		 754 aa  435  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  41.54 
 
 		 625 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  38.7 
 
 		 656 aa  428  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  40.17 
 
 		 621 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  40 
 
 		 621 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  39.83 
 
 		 621 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  42.54 
 
 		 615 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  35.2 
 
 		 749 aa  419  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  38.97 
 
 		 667 aa  412  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  40.35 
 
 		 734 aa  399  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  34.94 
 
 		 653 aa  386  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  40.13 
 
 		 662 aa  383  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  40.44 
 
 		 789 aa  382  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  37.27 
 
 		 812 aa  348  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  31.59 
 
 		 779 aa  317  5e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  29.04 
 
 		 796 aa  313  1e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  32.01 
 
 		 870 aa  311  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  31.36 
 
 		 868 aa  307  5.0000000000000004e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  28.57 
 
 		 822 aa  301  4e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  31.66 
 
 		 861 aa  293  8e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  28.83 
 
 		 792 aa  287  5e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  31.01 
 
 		 769 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  27.53 
 
 		 767 aa  266  8.999999999999999e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  35.68 
 
 		 596 aa  265  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  26.78 
 
 		 764 aa  206  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  28.17 
 
 		 1421 aa  144  8e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  24.76 
 
 		 580 aa  112  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  22.87 
 
 		 864 aa  111  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  25.27 
 
 		 808 aa  110  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  22.99 
 
 		 870 aa  109  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06090  type II and III secretion system protein  31.82 
 
 		 881 aa  108  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  24.32 
 
 		 589 aa  104  8e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2920  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  27.57 
 
 		 595 aa  103  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  25.24 
 
 		 616 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  25.24 
 
 		 575 aa  101  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  26.67 
 
 		 775 aa  101  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  21.56 
 
 		 926 aa  102  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  22.73 
 
 		 944 aa  102  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  21.33 
 
 		 946 aa  102  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  26.67 
 
 		 775 aa  101  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 523 aa  101  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.06 
 
 		 874 aa  101  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  26.09 
 
 		 567 aa  101  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  26.09 
 
 		 591 aa  100  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  25.24 
 
 		 527 aa  100  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1743  type II and III secretion system protein  28.21 
 
 		 1302 aa  100  1e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.04 
 
 		 894 aa  99.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  23.18 
 
 		 891 aa  99.4  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  24.25 
 
 		 987 aa  99.4  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4345  type II and III secretion system protein  26.86 
 
 		 451 aa  98.2  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.222675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  25.24 
 
 		 462 aa  98.2  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  23.96 
 
 		 413 aa  98.2  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  25.24 
 
 		 462 aa  98.2  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6875  type II and III secretion system protein  26.13 
 
 		 561 aa  98.2  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  32.04 
 
 		 466 aa  98.2  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  25.24 
 
 		 462 aa  98.2  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  28.62 
 
 		 733 aa  98.2  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  25.24 
 
 		 465 aa  97.8  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2255  type II and III secretion system protein  26.23 
 
 		 372 aa  97.4  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.936423  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  27.01 
 
 		 763 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  22.54 
 
 		 424 aa  97.1  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  23.42 
 
 		 547 aa  97.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2522  TPR repeat-containing protein  21.68 
 
 		 619 aa  96.3  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0859  type II and III secretion system protein  26.9 
 
 		 1282 aa  96.3  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0159294  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  26.3 
 
 		 686 aa  95.9  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  23.67 
 
 		 433 aa  95.1  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  24.52 
 
 		 576 aa  95.1  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  29.47 
 
 		 745 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  25.42 
 
 		 660 aa  94.4  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  30.43 
 
 		 766 aa  94.4  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  28.1 
 
 		 776 aa  94.4  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  22.57 
 
 		 424 aa  94.4  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  26.22 
 
 		 635 aa  93.6  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.21 
 
 		 556 aa  93.6  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  26.6 
 
 		 553 aa  93.2  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  26.46 
 
 		 716 aa  92.8  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.62 
 
 		 558 aa  91.7  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.24 
 
 		 752 aa  91.7  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2703  type II and III secretion system protein  26.74 
 
 		 386 aa  91.7  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  23.52 
 
 		 711 aa  91.3  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.07 
 
 		 819 aa  91.3  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  25.77 
 
 		 553 aa  90.9  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.8 
 
 		 559 aa  90.9  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.8 
 
 		 559 aa  90.9  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  26.67 
 
 		 641 aa  90.1  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  28.33 
 
 		 682 aa  90.5  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.53 
 
 		 562 aa  90.1  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  23.68 
 
 		 704 aa  90.1  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.19 
 
 		 561 aa  90.1  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.19 
 
 		 561 aa  90.5  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.46 
 
 		 559 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.46 
 
 		 559 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  29.69 
 
 		 679 aa  89.4  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  21.78 
 
 		 685 aa  89.7  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  23.26 
 
 		 423 aa  89  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>