More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2303 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  100 
 
 		 789 aa  1577    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  62.58 
 
 		 734 aa  828    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  50 
 
 		 662 aa  541  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  45.5 
 
 		 656 aa  462  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  45.92 
 
 		 754 aa  458  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  44.72 
 
 		 657 aa  430  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  41.7 
 
 		 667 aa  422  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  39.86 
 
 		 749 aa  410  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  40.47 
 
 		 614 aa  409  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  40.13 
 
 		 760 aa  402  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  43.13 
 
 		 698 aa  393  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  38.36 
 
 		 653 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  41 
 
 		 667 aa  388  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  38.25 
 
 		 621 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  38.29 
 
 		 625 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  37.34 
 
 		 621 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  37.34 
 
 		 621 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  42.86 
 
 		 596 aa  351  4e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  39.34 
 
 		 615 aa  345  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  36.12 
 
 		 812 aa  328  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  37.21 
 
 		 822 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  32.08 
 
 		 861 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  38.9 
 
 		 868 aa  281  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  38.24 
 
 		 870 aa  280  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  31.02 
 
 		 779 aa  272  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  31.21 
 
 		 767 aa  259  9e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  31 
 
 		 796 aa  256  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  34.39 
 
 		 769 aa  250  7e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  32.52 
 
 		 792 aa  226  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  26.46 
 
 		 764 aa  193  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  28.76 
 
 		 580 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  31.91 
 
 		 641 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 1421 aa  129  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  25.25 
 
 		 589 aa  125  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  33.2 
 
 		 657 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  33.2 
 
 		 656 aa  124  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  32.79 
 
 		 642 aa  123  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  32.79 
 
 		 642 aa  123  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  27.17 
 
 		 578 aa  122  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  32.79 
 
 		 646 aa  122  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  25.18 
 
 		 413 aa  121  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  25.68 
 
 		 689 aa  121  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  33.61 
 
 		 679 aa  120  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  25.56 
 
 		 692 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  24.64 
 
 		 864 aa  120  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  27.05 
 
 		 689 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  26.04 
 
 		 424 aa  119  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  25.06 
 
 		 944 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  29.79 
 
 		 733 aa  117  6e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  32.4 
 
 		 711 aa  117  8.999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  31.56 
 
 		 652 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  27.76 
 
 		 635 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  25 
 
 		 946 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  25.3 
 
 		 424 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  33.2 
 
 		 484 aa  116  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  26.71 
 
 		 547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  27.97 
 
 		 789 aa  116  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.4 
 
 		 685 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  26.8 
 
 		 787 aa  115  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  32.14 
 
 		 690 aa  115  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  25.72 
 
 		 870 aa  115  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  28.85 
 
 		 793 aa  115  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  24.27 
 
 		 926 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  32.14 
 
 		 690 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06090  type II and III secretion system protein  29.59 
 
 		 881 aa  114  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  32.14 
 
 		 690 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  27.04 
 
 		 673 aa  114  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  28.06 
 
 		 630 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  33.47 
 
 		 663 aa  114  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  28.39 
 
 		 805 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  27.45 
 
 		 681 aa  114  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  23.98 
 
 		 616 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  27.22 
 
 		 810 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  28.88 
 
 		 752 aa  113  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  24.19 
 
 		 718 aa  112  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  23.98 
 
 		 575 aa  112  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  26.67 
 
 		 740 aa  112  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  24.22 
 
 		 891 aa  112  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  23.26 
 
 		 987 aa  112  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  27.73 
 
 		 655 aa  112  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  29.77 
 
 		 632 aa  112  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  25.87 
 
 		 683 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  31.46 
 
 		 562 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2920  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  28.08 
 
 		 595 aa  111  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  23.98 
 
 		 527 aa  110  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  28.61 
 
 		 738 aa  110  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  28.28 
 
 		 747 aa  110  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  23.91 
 
 		 567 aa  110  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  30.65 
 
 		 682 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  32.93 
 
 		 620 aa  110  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2199  type IV pilus secretin PilQ  25.84 
 
 		 719 aa  109  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.7 
 
 		 894 aa  109  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  24.22 
 
 		 756 aa  109  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  32.05 
 
 		 482 aa  109  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30 
 
 		 558 aa  109  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  26.2 
 
 		 684 aa  109  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  25.25 
 
 		 460 aa  108  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  26.28 
 
 		 705 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  25.25 
 
 		 458 aa  108  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  26.2 
 
 		 684 aa  108  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>