More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2619 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 662 aa  1323    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  50.34 
 
 		 789 aa  554  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  52.08 
 
 		 734 aa  552  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  45.28 
 
 		 754 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  39.63 
 
 		 749 aa  436  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  39.81 
 
 		 667 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  44.21 
 
 		 698 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  42.52 
 
 		 667 aa  412  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  37.76 
 
 		 656 aa  412  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  40.94 
 
 		 657 aa  409  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  40.37 
 
 		 760 aa  410  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  43.1 
 
 		 614 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  45.91 
 
 		 596 aa  394  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  37.6 
 
 		 653 aa  387  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  39.38 
 
 		 625 aa  363  6e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  39.03 
 
 		 621 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  39.03 
 
 		 621 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  39.06 
 
 		 621 aa  355  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  39.8 
 
 		 615 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  36.64 
 
 		 812 aa  332  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  32.75 
 
 		 822 aa  312  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  32.51 
 
 		 861 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  31.91 
 
 		 868 aa  301  3e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  31.5 
 
 		 870 aa  298  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  32.96 
 
 		 796 aa  294  3e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  30.22 
 
 		 769 aa  266  7e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  31.35 
 
 		 767 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  31.78 
 
 		 779 aa  263  4.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  30.23 
 
 		 792 aa  248  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  26.5 
 
 		 764 aa  193  9e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  26.65 
 
 		 870 aa  135  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  25.68 
 
 		 413 aa  131  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  26.07 
 
 		 689 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  28.05 
 
 		 547 aa  130  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  26.49 
 
 		 1421 aa  128  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  25.54 
 
 		 580 aa  128  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  24.57 
 
 		 944 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  24.66 
 
 		 682 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.53 
 
 		 685 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  25.24 
 
 		 891 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  25.94 
 
 		 683 aa  122  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 688 aa  120  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  24.89 
 
 		 683 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  25.99 
 
 		 424 aa  120  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  25.41 
 
 		 578 aa  120  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  26.86 
 
 		 711 aa  120  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06090  type II and III secretion system protein  31.5 
 
 		 881 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  26.13 
 
 		 756 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  26.91 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 683 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 683 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 683 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  25.36 
 
 		 424 aa  117  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 683 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  24.7 
 
 		 683 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 		 575 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 		 616 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  25.65 
 
 		 684 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  25.74 
 
 		 864 aa  115  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 		 527 aa  115  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  26.09 
 
 		 420 aa  115  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 523 aa  115  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  25.89 
 
 		 684 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  26.2 
 
 		 433 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  24.7 
 
 		 684 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  24.51 
 
 		 946 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.33 
 
 		 894 aa  114  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2310  type II and III secretion system protein  28.12 
 
 		 443 aa  114  5e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.53 
 
 		 684 aa  114  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  24.49 
 
 		 682 aa  114  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 		 462 aa  114  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  26.51 
 
 		 462 aa  114  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 		 462 aa  114  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  26.51 
 
 		 465 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  23.49 
 
 		 718 aa  113  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  23.79 
 
 		 926 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  24.36 
 
 		 692 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 		 576 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  25 
 
 		 704 aa  112  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  23.63 
 
 		 717 aa  111  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  25.61 
 
 		 422 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  24.14 
 
 		 412 aa  110  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  25 
 
 		 682 aa  110  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  24.56 
 
 		 426 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  27.86 
 
 		 553 aa  110  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  27.62 
 
 		 553 aa  110  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  24.2 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  24.14 
 
 		 412 aa  109  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  23.89 
 
 		 412 aa  109  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  24.14 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  24.14 
 
 		 412 aa  109  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  24.14 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  24.2 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  25.24 
 
 		 420 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.02 
 
 		 718 aa  108  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  35.63 
 
 		 679 aa  108  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  26.59 
 
 		 591 aa  108  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  24.65 
 
 		 710 aa  108  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  24.26 
 
 		 389 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3760  outer membrane porin HofQ  23.96 
 
 		 426 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00726017  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>