More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1300 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  100 
 
 		 667 aa  1321    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  44.52 
 
 		 749 aa  528  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  45.39 
 
 		 653 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  45.24 
 
 		 667 aa  504  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  45.9 
 
 		 754 aa  489  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  44.32 
 
 		 656 aa  488  1e-136  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  45.7 
 
 		 614 aa  488  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  45.44 
 
 		 625 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  46.13 
 
 		 621 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  46.32 
 
 		 621 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  46.32 
 
 		 621 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  44.09 
 
 		 760 aa  472  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  44.68 
 
 		 657 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  44.41 
 
 		 615 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  40.33 
 
 		 662 aa  423  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  41.25 
 
 		 734 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  40.83 
 
 		 789 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  42.75 
 
 		 698 aa  394  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  40 
 
 		 812 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  35.46 
 
 		 870 aa  330  4e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  36.04 
 
 		 868 aa  329  8e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  34.15 
 
 		 822 aa  327  6e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  34.6 
 
 		 779 aa  327  6e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  34.43 
 
 		 796 aa  320  5e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  35.13 
 
 		 861 aa  317  4e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  35.23 
 
 		 769 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  33.8 
 
 		 767 aa  291  3e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  35.43 
 
 		 596 aa  286  9e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  34.45 
 
 		 792 aa  277  6e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  25.23 
 
 		 764 aa  182  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  32.74 
 
 		 733 aa  120  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.58 
 
 		 641 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2522  TPR repeat-containing protein  23.05 
 
 		 619 aa  117  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  33.61 
 
 		 690 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  33.85 
 
 		 679 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  33.61 
 
 		 690 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  33.61 
 
 		 690 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06090  type II and III secretion system protein  33.88 
 
 		 881 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  25.71 
 
 		 1421 aa  114  8.000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  28.11 
 
 		 696 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  24.11 
 
 		 870 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  28.25 
 
 		 763 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  28.24 
 
 		 745 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  27.78 
 
 		 776 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  32.95 
 
 		 642 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  32.95 
 
 		 646 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  32.95 
 
 		 642 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.81 
 
 		 752 aa  111  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  29.45 
 
 		 711 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  23.33 
 
 		 926 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.7 
 
 		 894 aa  110  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  33.61 
 
 		 657 aa  110  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 		 944 aa  110  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  23.2 
 
 		 946 aa  109  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  23.73 
 
 		 616 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  33.33 
 
 		 656 aa  108  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  23.73 
 
 		 575 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  26.67 
 
 		 716 aa  108  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  22.09 
 
 		 891 aa  108  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  23.73 
 
 		 527 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5683  putative pilus assembly protein cpaC  29.31 
 
 		 489 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  25.62 
 
 		 635 aa  108  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  24.21 
 
 		 576 aa  107  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2920  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  30.11 
 
 		 595 aa  107  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  23.46 
 
 		 864 aa  107  8e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  22.94 
 
 		 915 aa  107  8e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  26.78 
 
 		 775 aa  106  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  23.73 
 
 		 462 aa  106  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  23.73 
 
 		 462 aa  106  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  23.73 
 
 		 462 aa  106  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  23.73 
 
 		 465 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  25.84 
 
 		 660 aa  105  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  26.44 
 
 		 775 aa  105  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  23.65 
 
 		 547 aa  105  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6875  type II and III secretion system protein  29.39 
 
 		 561 aa  104  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  30.16 
 
 		 697 aa  103  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  31.66 
 
 		 803 aa  103  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  24.26 
 
 		 589 aa  103  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  31.66 
 
 		 803 aa  103  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  23.04 
 
 		 413 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  31.01 
 
 		 482 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  22.4 
 
 		 987 aa  102  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  28.46 
 
 		 681 aa  102  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  29.31 
 
 		 766 aa  102  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31.47 
 
 		 736 aa  102  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  31.15 
 
 		 652 aa  101  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  30.33 
 
 		 620 aa  101  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  28 
 
 		 689 aa  101  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  23.94 
 
 		 580 aa  101  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  26.49 
 
 		 672 aa  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  26.2 
 
 		 486 aa  101  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  29.03 
 
 		 686 aa  101  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  30.58 
 
 		 460 aa  100  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  31.38 
 
 		 460 aa  101  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  25.29 
 
 		 655 aa  101  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  29.81 
 
 		 681 aa  100  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  30 
 
 		 633 aa  100  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  26.56 
 
 		 630 aa  100  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  23.23 
 
 		 714 aa  100  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4345  type II and III secretion system protein  31.06 
 
 		 451 aa  100  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.222675  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>