More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1778 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  100 
 
 		 822 aa  1654    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  52.77 
 
 		 769 aa  653    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  64.71 
 
 		 861 aa  1072    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  64.42 
 
 		 868 aa  786    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  63.24 
 
 		 870 aa  782    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  59.59 
 
 		 796 aa  929    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  50.97 
 
 		 792 aa  595  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  36.98 
 
 		 767 aa  459  9.999999999999999e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  33.33 
 
 		 779 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  32 
 
 		 754 aa  348  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  33.98 
 
 		 667 aa  342  1e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  32.28 
 
 		 749 aa  335  1e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  32.89 
 
 		 656 aa  322  1.9999999999999998e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  34.74 
 
 		 657 aa  316  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  33.23 
 
 		 614 aa  312  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  31.54 
 
 		 653 aa  306  7e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  28.81 
 
 		 760 aa  303  8.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  33.18 
 
 		 698 aa  300  7e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  32.81 
 
 		 662 aa  296  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  34.1 
 
 		 667 aa  291  2e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  33.23 
 
 		 625 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  33.17 
 
 		 812 aa  289  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  33.75 
 
 		 621 aa  287  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  34.02 
 
 		 734 aa  287  5.999999999999999e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  32.71 
 
 		 621 aa  283  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  32.09 
 
 		 621 aa  283  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  32.97 
 
 		 615 aa  275  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  37.21 
 
 		 789 aa  264  6e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  27.03 
 
 		 764 aa  221  6e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  29.32 
 
 		 596 aa  188  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  25.46 
 
 		 580 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  25.53 
 
 		 547 aa  120  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  24.83 
 
 		 689 aa  116  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  25.84 
 
 		 578 aa  115  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  24.32 
 
 		 699 aa  110  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  26.4 
 
 		 808 aa  110  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2522  TPR repeat-containing protein  21.48 
 
 		 619 aa  110  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  23.3 
 
 		 657 aa  108  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  22.63 
 
 		 915 aa  107  7e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  32.12 
 
 		 494 aa  106  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  22.95 
 
 		 870 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  24.48 
 
 		 523 aa  106  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  23.11 
 
 		 684 aa  106  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  23.26 
 
 		 891 aa  105  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.35 
 
 		 684 aa  105  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  23.11 
 
 		 683 aa  104  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  23.08 
 
 		 630 aa  104  8e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  22.7 
 
 		 685 aa  104  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  24.26 
 
 		 589 aa  103  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  29.11 
 
 		 660 aa  103  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  22.88 
 
 		 684 aa  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  22.88 
 
 		 684 aa  103  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  23.91 
 
 		 1421 aa  102  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  25.17 
 
 		 553 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  22.87 
 
 		 683 aa  103  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  24.94 
 
 		 864 aa  103  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  23.73 
 
 		 636 aa  102  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  22.9 
 
 		 682 aa  102  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  28.92 
 
 		 696 aa  101  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  25.17 
 
 		 553 aa  101  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  23.09 
 
 		 987 aa  101  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  24.54 
 
 		 543 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  30.06 
 
 		 740 aa  100  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  24.31 
 
 		 616 aa  100  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  32.63 
 
 		 423 aa  100  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  24.88 
 
 		 591 aa  100  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  24.31 
 
 		 575 aa  100  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2703  type II and III secretion system protein  31.18 
 
 		 386 aa  100  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  21.74 
 
 		 683 aa  100  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  21.51 
 
 		 682 aa  100  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0749  type II and III secretion system protein  29.3 
 
 		 436 aa  100  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  24.32 
 
 		 655 aa  100  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  24.31 
 
 		 527 aa  99.8  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  23.22 
 
 		 413 aa  99.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1057  type II and III secretion system protein  31.41 
 
 		 451 aa  100  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  24.28 
 
 		 717 aa  99.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.15 
 
 		 819 aa  99  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  24.31 
 
 		 543 aa  99.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  24.77 
 
 		 576 aa  99  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  24.88 
 
 		 567 aa  99  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3204  type II and III secretion system protein  31.16 
 
 		 451 aa  99.4  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.154583 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  21.96 
 
 		 682 aa  99  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  23.47 
 
 		 688 aa  98.2  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  23.79 
 
 		 718 aa  98.2  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  22.44 
 
 		 727 aa  98.2  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  27.94 
 
 		 686 aa  98.2  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  22.71 
 
 		 718 aa  97.8  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.71 
 
 		 874 aa  97.8  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  29.65 
 
 		 689 aa  97.4  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  27.62 
 
 		 810 aa  97.4  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.5 
 
 		 752 aa  96.7  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  24.31 
 
 		 465 aa  97.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3488  type II and III secretion system protein  25.28 
 
 		 543 aa  97.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  24.31 
 
 		 462 aa  97.1  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  24.31 
 
 		 462 aa  97.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  21.67 
 
 		 944 aa  97.4  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  24.31 
 
 		 462 aa  97.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  27.62 
 
 		 686 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  27.62 
 
 		 686 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  22.41 
 
 		 683 aa  96.7  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>