More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0707 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0749  type II and III secretion system protein  71.84 
 
 		 436 aa  640    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  100 
 
 		 423 aa  851    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0645  type II and III secretion system protein  68.32 
 
 		 436 aa  620  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2310  type II and III secretion system protein  36.34 
 
 		 443 aa  268  1e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2920  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  33.67 
 
 		 595 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6875  type II and III secretion system protein  32.92 
 
 		 561 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4345  type II and III secretion system protein  33.74 
 
 		 451 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.222675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2693  type II and III secretion system protein  31.81 
 
 		 479 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000595981  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0246  type II and III secretion system protein  34.2 
 
 		 714 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5409  type II and III secretion system protein  29.95 
 
 		 469 aa  162  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.28985  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1653  type II and III secretion system protein  30.14 
 
 		 468 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.745375 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2117  type II and III secretion system protein  31.55 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.27338  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3654  pilus assembly protein  32.84 
 
 		 473 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2798  putative outer membrane channel signal peptide protein, CpaC like  30.07 
 
 		 454 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.395631 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  30.63 
 
 		 492 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1658  type II and III secretion system protein  30.33 
 
 		 483 aa  157  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  31.43 
 
 		 526 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  31.79 
 
 		 482 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  29.81 
 
 		 482 aa  155  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  29.81 
 
 		 482 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  29.81 
 
 		 482 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  29.81 
 
 		 482 aa  155  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  29.81 
 
 		 482 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  32.72 
 
 		 461 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549017 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  29.81 
 
 		 482 aa  155  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2321  type II and III secretion system protein  32.41 
 
 		 452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278369 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  30.37 
 
 		 460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  28.64 
 
 		 460 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  30.57 
 
 		 484 aa  153  5e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2072  type II and III secretion system protein  29.38 
 
 		 492 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00565214  normal  0.624153 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4445  type II and III secretion system protein  30.23 
 
 		 457 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  29.84 
 
 		 464 aa  152  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  29.06 
 
 		 466 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  31.25 
 
 		 493 aa  150  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02594  outer membrane channel signal peptide protein  30.48 
 
 		 454 aa  150  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  28.64 
 
 		 482 aa  149  7e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1732  type II and III secretion system protein  30.98 
 
 		 443 aa  149  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.793195  hitchhiker  0.00000430206 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  29.47 
 
 		 460 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  30.27 
 
 		 461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  30.75 
 
 		 461 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  30.81 
 
 		 461 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4248  type II and III secretion system protein  29.1 
 
 		 454 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.218711 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4358  type II and III secretion system protein  29.1 
 
 		 454 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.970058 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  30.71 
 
 		 473 aa  145  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  29.03 
 
 		 477 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  34.56 
 
 		 479 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4661  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  30.81 
 
 		 443 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000794738  hitchhiker  0.00340482 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1403  type II and III secretion system protein  30.3 
 
 		 444 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0070  type II and III secretion system protein  28.68 
 
 		 461 aa  142  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.838423 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1642  type II and III secretion system protein  30.6 
 
 		 453 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00375821  normal  0.501633 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1497  type II and III secretion system protein  31.13 
 
 		 443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0318341  hitchhiker  0.0000037114 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1521  type II and III secretion system protein  31.13 
 
 		 443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00384422  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2326  type II and III secretion system protein  36.15 
 
 		 478 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.434108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1041  type II and III secretion system protein  31.13 
 
 		 443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00604679  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2704  type II/III secretion system protein  36.15 
 
 		 478 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2542  type II/III secretion system protein  30.71 
 
 		 441 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  28.12 
 
 		 474 aa  138  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  28.5 
 
 		 490 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2162  type II and III secretion system protein  29.83 
 
 		 428 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.080237 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0117  type II/III secretion system protein  30.03 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.821295  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1778  type II/III secretion system protein  30.03 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1290  type II/III secretion system protein  29.95 
 
 		 432 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1048  type II/III secretion system protein  29.95 
 
 		 432 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.827787  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1941  type II/III secretion system protein  30.03 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0187984  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1789  type II/III secretion system protein  29.95 
 
 		 432 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1768  type II/III secretion system protein  30.03 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.477043  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  28.39 
 
 		 495 aa  137  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  27.99 
 
 		 507 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  28.93 
 
 		 493 aa  134  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  30.45 
 
 		 491 aa  133  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  29.19 
 
 		 530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  29.74 
 
 		 496 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0601  type II/III secretion system protein  27.84 
 
 		 439 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.570142  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0685  type II and III secretion system protein  27.45 
 
 		 423 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  28.5 
 
 		 483 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4200  type II and III secretion system protein  29.45 
 
 		 480 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1727  type II and III secretion system protein  35.17 
 
 		 520 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  29.28 
 
 		 455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0648  type II and III secretion system protein  41.99 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4391  type II and III secretion system protein  41.53 
 
 		 416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  28.17 
 
 		 487 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  28.11 
 
 		 1421 aa  127  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  27.89 
 
 		 517 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4871  putative type II secretion system protein  35.04 
 
 		 408 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0665602  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  32.94 
 
 		 474 aa  127  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0794  type II and III secretion system protein  27.47 
 
 		 622 aa  126  7e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0301  type II and III secretion system protein  27.88 
 
 		 493 aa  126  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3713  type II and III secretion system protein  28.61 
 
 		 492 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  27.99 
 
 		 484 aa  126  9e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3514  type II and III secretion system protein  34.6 
 
 		 431 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.91039  normal  0.283922 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2703  type II and III secretion system protein  30.69 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1784  type II and III secretion system protein  27.79 
 
 		 479 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3520  type II and III secretion system protein  26.78 
 
 		 480 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0848  type II and III secretion system protein  42.54 
 
 		 419 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  28.47 
 
 		 486 aa  124  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  32.8 
 
 		 475 aa  123  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1836  type II and III secretion system protein  32.14 
 
 		 494 aa  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55920  putative type II secretion system protein  44.05 
 
 		 416 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0275442  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4851  bacterial type II/III secretion system protein  39.78 
 
 		 419 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0667  type II and III secretion system protein  27.38 
 
 		 478 aa  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>