269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3615 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 231 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  64.22 
 
 		 224 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  62.34 
 
 		 223 aa  241  7e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  62.34 
 
 		 223 aa  241  9e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  64.32 
 
 		 204 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  68.26 
 
 		 176 aa  219  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  46.11 
 
 		 212 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  48.24 
 
 		 198 aa  144  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  47.16 
 
 		 173 aa  138  7.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  44.05 
 
 		 176 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 		 176 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 173 aa  129  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  39.49 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  43.64 
 
 		 185 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  43.11 
 
 		 176 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 		 189 aa  122  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  44.23 
 
 		 189 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 167 aa  121  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 		 182 aa  121  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  42.07 
 
 		 199 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 		 166 aa  121  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  42.29 
 
 		 189 aa  119  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  42.29 
 
 		 189 aa  119  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  43.59 
 
 		 189 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  43.86 
 
 		 171 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  43.93 
 
 		 173 aa  115  6.9999999999999995e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  41.62 
 
 		 188 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  32.74 
 
 		 175 aa  113  3e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  39.44 
 
 		 187 aa  111  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 		 169 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  38.76 
 
 		 206 aa  108  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  43.11 
 
 		 169 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  43.11 
 
 		 169 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  41.4 
 
 		 200 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  39.61 
 
 		 191 aa  102  4e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 		 168 aa  98.6  6e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 		 173 aa  96.7  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  38.89 
 
 		 201 aa  94.4  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  36.21 
 
 		 185 aa  94.4  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 		 188 aa  88.2  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  36.47 
 
 		 169 aa  85.9  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  36.47 
 
 		 167 aa  85.5  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.79 
 
 		 172 aa  79.3  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  37.64 
 
 		 169 aa  78.6  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  37.2 
 
 		 163 aa  78.6  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.37 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 		 173 aa  75.1  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  36.75 
 
 		 184 aa  75.1  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  35.54 
 
 		 170 aa  73.9  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  36.54 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  32.96 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 		 176 aa  72  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 		 157 aa  71.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  32.04 
 
 		 210 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  32.04 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 		 172 aa  70.5  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.09 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 		 179 aa  70.5  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 		 175 aa  70.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0883  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000602503  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 172 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 		 171 aa  69.3  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  27.98 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  32.4 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 		 174 aa  68.9  0.00000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  37.01 
 
 		 177 aa  67.8  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 		 191 aa  67.8  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.07 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 173 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 173 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 173 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  26.75 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  29.29 
 
 		 204 aa  65.1  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  35.75 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  24.71 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  26.26 
 
 		 182 aa  64.3  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  27.75 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  31.95 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 		 178 aa  63.5  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  33.72 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  26.97 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  26.97 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  26.97 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  25.44 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  26.97 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  26.97 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  28.25 
 
 		 172 aa  62.4  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.94 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  27.17 
 
 		 177 aa  62.4  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  29.48 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  26.25 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>