More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03704 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  100 
 
 		 325 aa  680    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  56.38 
 
 		 316 aa  376  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  50.83 
 
 		 319 aa  333  3e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.01 
 
 		 332 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  46.42 
 
 		 322 aa  311  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  45.64 
 
 		 324 aa  299  3e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  45.64 
 
 		 324 aa  299  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  45.64 
 
 		 324 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 316 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  45.54 
 
 		 319 aa  297  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  45.97 
 
 		 320 aa  294  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  44.16 
 
 		 323 aa  291  9e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  42.99 
 
 		 320 aa  291  9e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 318 aa  290  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  46.64 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  46.64 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  46.64 
 
 		 328 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  46.64 
 
 		 328 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  45.97 
 
 		 324 aa  286  4e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  44.63 
 
 		 321 aa  286  4e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 323 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 324 aa  279  6e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  40.94 
 
 		 320 aa  263  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  40.59 
 
 		 322 aa  262  6.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  39.93 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  39.17 
 
 		 334 aa  250  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 280 aa  241  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 		 312 aa  225  9e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.29 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.54 
 
 		 326 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.54 
 
 		 324 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  38.13 
 
 		 311 aa  215  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 		 315 aa  189  7e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.78 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.18 
 
 		 772 aa  148  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.22 
 
 		 498 aa  145  7.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37 
 
 		 638 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  44 
 
 		 641 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  44.68 
 
 		 163 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 172 aa  144  3e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  31.92 
 
 		 579 aa  143  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 434 aa  143  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 625 aa  142  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 461 aa  142  8e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 624 aa  142  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.46 
 
 		 550 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 732 aa  142  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 625 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 625 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 1774 aa  140  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  40.31 
 
 		 564 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  40.31 
 
 		 563 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 569 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 764 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  42.46 
 
 		 625 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 764 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 523 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 764 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  44.17 
 
 		 1644 aa  138  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 377 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.52 
 
 		 320 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 305 aa  138  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  43.21 
 
 		 422 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 610 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.76 
 
 		 457 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 540 aa  136  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.73 
 
 		 418 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  42.61 
 
 		 624 aa  136  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.02 
 
 		 413 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.77 
 
 		 1262 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 343 aa  136  6.0000000000000005e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 586 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 354 aa  135  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.93 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.49 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  31.19 
 
 		 582 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.98 
 
 		 550 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 686 aa  135  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  30.74 
 
 		 581 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>