145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0740 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  95.46 
 
 		 507 aa  1005    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  100 
 
 		 507 aa  1043    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  52.36 
 
 		 514 aa  548  1e-154  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42.12 
 
 		 476 aa  349  8e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6460  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  50.14 
 
 		 347 aa  329  8e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1400  glycosyl hydrolase 53  46.32 
 
 		 415 aa  290  4e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195161  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2123  glycosyl hydrolase 53 domain protein  44.65 
 
 		 425 aa  277  2e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.052262  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6169  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42.07 
 
 		 342 aa  248  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4875  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.83 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3290  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.83 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6329  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  40.82 
 
 		 386 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6029  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  39.53 
 
 		 390 aa  230  6e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0780998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2125  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  41.39 
 
 		 364 aa  216  5e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.825854 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1555  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.29 
 
 		 612 aa  208  2e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.428291  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1617  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.29 
 
 		 606 aa  208  2e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0588913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1318  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.96 
 
 		 405 aa  203  5e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00527191  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0857  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.75 
 
 		 619 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2961  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.35 
 
 		 405 aa  200  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00892323  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1279  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.61 
 
 		 399 aa  193  6e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000518384  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0917  glycosy hydrolase family protein  33.97 
 
 		 400 aa  192  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3886  glycosy hydrolase family protein  33.97 
 
 		 400 aa  192  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.371175 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0972  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.97 
 
 		 400 aa  192  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396202  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1159  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.62 
 
 		 373 aa  187  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601771 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04100  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.06 
 
 		 557 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03928  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  52.23 
 
 		 181 aa  168  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2047  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.72 
 
 		 377 aa  160  7e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074716  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03980  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.73 
 
 		 566 aa  155  1e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04110  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.04 
 
 		 399 aa  152  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1066  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.43 
 
 		 412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.980933  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0385  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  32.92 
 
 		 732 aa  147  4.0000000000000006e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.677811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14870  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.44 
 
 		 916 aa  147  5e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.44593  normal  0.0967933 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1480  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.91 
 
 		 492 aa  146  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05727  Endo-beta-1,4-galactanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS6]  30.84 
 
 		 369 aa  144  4e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0903691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3080  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.33 
 
 		 777 aa  143  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1003  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.1 
 
 		 897 aa  140  6e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.629221  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2256  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.7 
 
 		 391 aa  137  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.020335 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0683  sigma-70 factor  31.44 
 
 		 397 aa  127  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481968  hitchhiker  0.000000266294 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2125  Ricin B lectin  38.97 
 
 		 491 aa  123  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2827  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.19 
 
 		 650 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000305574  hitchhiker  0.00171331 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0661  Ricin B lectin  43.07 
 
 		 571 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2530  Ricin B lectin  43.36 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00551776  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1334  glycosyl hydrolase 53 protein  26.99 
 
 		 480 aa  106  8e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4084  Ricin B lectin  36.21 
 
 		 1413 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  41.38 
 
 		 503 aa  100  8e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  36.88 
 
 		 537 aa  97.8  4e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4440  Ricin B lectin  39.39 
 
 		 566 aa  96.3  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0151299  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2450  Ricin B lectin  38.64 
 
 		 582 aa  95.9  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0349225  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1643  parallel beta-helix repeat-containing ricin B lectin  37.96 
 
 		 563 aa  94.7  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1280  glycoside hydrolase family 43  35.04 
 
 		 691 aa  93.2  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286369  hitchhiker  0.00183728 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4621  Ricin B lectin  28.32 
 
 		 497 aa  92.8  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1428  Ricin B lectin  35.37 
 
 		 1139 aa  90.1  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.737248  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3240  protein of unknown function DUF291  36.43 
 
 		 2073 aa  89.7  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3927  Ricin B lectin  37.88 
 
 		 436 aa  89.7  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3944  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.56 
 
 		 466 aa  89.4  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6252  Ricin B lectin  35.82 
 
 		 737 aa  87.8  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.189274 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  35.9 
 
 		 789 aa  86.7  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4287  Ricin B lectin  41.35 
 
 		 647 aa  84.3  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.718232  normal  0.560117 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0383  Ricin B lectin  35.82 
 
 		 401 aa  84  0.000000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1962  Endo-1,4-beta-xylanase  37.5 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.634854  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6977  hypothetical protein  37.59 
 
 		 897 aa  83.6  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449457  normal  0.690746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4966  Alpha-N-arabinofuranosidase  33.58 
 
 		 507 aa  83.6  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.451245  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2942  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.84 
 
 		 474 aa  83.2  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0858983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6159  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.6 
 
 		 507 aa  82.8  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.444689  normal  0.0822461 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6290  Ricin B lectin  33.81 
 
 		 1259 aa  82  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0798248 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1461  Ricin B lectin  35.77 
 
 		 560 aa  80.1  0.00000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3803  Ricin B lectin  34.07 
 
 		 943 aa  79.7  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307116  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  33.33 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4855  Ricin B lectin  33.83 
 
 		 503 aa  78.2  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0410154  normal  0.0144537 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  34.33 
 
 		 495 aa  77.8  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2848  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.84 
 
 		 520 aa  77.8  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.724859  decreased coverage  0.0053695 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  32.68 
 
 		 472 aa  77  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  35.97 
 
 		 794 aa  76.6  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  31.06 
 
 		 884 aa  75.5  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4363  protein of unknown function DUF1680  29.27 
 
 		 963 aa  75.5  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0125989  normal  0.151908 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4174  carbohydrate-binding family 6 protein  29.85 
 
 		 957 aa  74.3  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.49527  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1905  glucan endo-1,6-beta-glucosidase  33.09 
 
 		 695 aa  74.3  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3107  protein of unknown function DUF1680  28.99 
 
 		 771 aa  74.3  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0859472  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5674  Ricin B lectin  34.29 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.510311 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4574  Ricin B lectin  32.86 
 
 		 672 aa  72.8  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  32.76 
 
 		 618 aa  71.2  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4959  Ricin B lectin  30.5 
 
 		 576 aa  71.2  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.572354  normal  0.851755 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4332  Ricin B lectin  30.08 
 
 		 615 aa  70.5  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.817761  normal  0.0720026 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5663  Ricin B lectin  34.03 
 
 		 1187 aa  69.3  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.765642  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  32.09 
 
 		 510 aa  68.2  0.0000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4904  Ricin B lectin  28.38 
 
 		 494 aa  67  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146094  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2967  Ricin B lectin  26.67 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4856  Ricin B lectin  31.39 
 
 		 569 aa  66.6  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.173308  normal  0.0148414 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0859  Ricin B lectin  25.84 
 
 		 483 aa  65.1  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1625  Ricin B lectin  29.63 
 
 		 664 aa  64.3  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.174665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  30.43 
 
 		 474 aa  63.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1703  hypothetical protein  31.54 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.595343 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0329  Pectate lyase  29.2 
 
 		 445 aa  60.5  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0745769 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2737  Ricin B lectin  30.16 
 
 		 1148 aa  60.1  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.285354  normal  0.294912 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4198  Pectinesterase  30.08 
 
 		 487 aa  59.3  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.018397  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5654  Beta-N-acetylhexosaminidase  41.25 
 
 		 756 aa  59.3  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.171925  normal  0.428495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  29.75 
 
 		 487 aa  58.5  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6876  glycoside hydrolase family 76  31.76 
 
 		 514 aa  58.5  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.534141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49706  predicted protein  28.79 
 
 		 1222 aa  57.8  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4828  Ricin B lectin  30.67 
 
 		 555 aa  57.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000773759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6866  Ricin B lectin  27.69 
 
 		 493 aa  58.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.191188  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>