40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0683 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0683  sigma-70 factor  100 
 
 		 397 aa  826    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481968  hitchhiker  0.000000266294 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1480  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42 
 
 		 492 aa  282  9e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2827  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.97 
 
 		 650 aa  253  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000305574  hitchhiker  0.00171331 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2961  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.81 
 
 		 405 aa  199  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00892323  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1279  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.5 
 
 		 399 aa  199  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000518384  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1318  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.39 
 
 		 405 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00527191  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0917  glycosy hydrolase family protein  32.91 
 
 		 400 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0972  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.91 
 
 		 400 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396202  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3886  glycosy hydrolase family protein  32.91 
 
 		 400 aa  197  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.371175 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0857  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.33 
 
 		 619 aa  192  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1555  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35 
 
 		 612 aa  192  1e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.428291  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1617  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35 
 
 		 606 aa  192  1e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0588913  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04100  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.48 
 
 		 557 aa  187  4e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2047  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.53 
 
 		 377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074716  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6329  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.08 
 
 		 386 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6029  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.06 
 
 		 390 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0780998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4081  glycosyl hydrolase 53 protein  54.36 
 
 		 272 aa  174  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03980  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.99 
 
 		 566 aa  169  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4875  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.49 
 
 		 387 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3290  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.49 
 
 		 387 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04110  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.87 
 
 		 399 aa  163  5.0000000000000005e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2256  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.55 
 
 		 391 aa  159  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.020335 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1159  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.03 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601771 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1066  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.36 
 
 		 412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.980933  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0385  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  32.17 
 
 		 732 aa  154  4e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.677811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14870  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.99 
 
 		 916 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.44593  normal  0.0967933 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3080  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.38 
 
 		 777 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.25 
 
 		 476 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6169  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.09 
 
 		 342 aa  136  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1003  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.83 
 
 		 897 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.629221  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2123  glycosyl hydrolase 53 domain protein  30.25 
 
 		 425 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.052262  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05727  Endo-beta-1,4-galactanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS6]  29.91 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0903691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.61 
 
 		 507 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.44 
 
 		 507 aa  127  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2125  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.18 
 
 		 364 aa  123  6e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.825854 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1400  glycosyl hydrolase 53  29.57 
 
 		 415 aa  122  8e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195161  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  28.73 
 
 		 514 aa  119  9e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1334  glycosyl hydrolase 53 protein  27.19 
 
 		 480 aa  108  2e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6460  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  28.12 
 
 		 347 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03928  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.28 
 
 		 181 aa  68.2  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>