40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0972 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1279  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  77.19 
 
 		 399 aa  645    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000518384  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0972  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  100 
 
 		 400 aa  828    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396202  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3886  glycosy hydrolase family protein  100 
 
 		 400 aa  828    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.371175 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0917  glycosy hydrolase family protein  100 
 
 		 400 aa  828    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2961  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  70.66 
 
 		 405 aa  588  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00892323  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1318  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  71.17 
 
 		 405 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00527191  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1555  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  49.74 
 
 		 612 aa  378  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.428291  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1617  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  49.74 
 
 		 606 aa  377  1e-103  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0588913  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04100  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  46.73 
 
 		 557 aa  372  1e-102  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0857  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  44.19 
 
 		 619 aa  339  4e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04110  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42.93 
 
 		 399 aa  307  2.0000000000000002e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6029  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  39.24 
 
 		 390 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0780998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6329  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  39.18 
 
 		 386 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3290  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  38.93 
 
 		 387 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4875  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  38.93 
 
 		 387 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1066  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.41 
 
 		 412 aa  266  2.9999999999999995e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.980933  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1003  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.13 
 
 		 897 aa  253  6e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.629221  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0385  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  35.66 
 
 		 732 aa  249  7e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.677811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03980  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.13 
 
 		 566 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2047  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.26 
 
 		 377 aa  238  2e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074716  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1159  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.05 
 
 		 373 aa  229  4e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601771 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3080  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.23 
 
 		 777 aa  227  3e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14870  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.05 
 
 		 916 aa  224  3e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.44593  normal  0.0967933 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6169  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.84 
 
 		 342 aa  222  7e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2256  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.89 
 
 		 391 aa  218  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.020335 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1400  glycosyl hydrolase 53  36.08 
 
 		 415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195161  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2123  glycosyl hydrolase 53 domain protein  35.65 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.052262  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6460  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.74 
 
 		 347 aa  209  7e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.22 
 
 		 514 aa  199  7.999999999999999e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0683  sigma-70 factor  32.91 
 
 		 397 aa  197  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481968  hitchhiker  0.000000266294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.97 
 
 		 507 aa  192  8e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.42 
 
 		 507 aa  189  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.88 
 
 		 476 aa  187  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1480  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.34 
 
 		 492 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05727  Endo-beta-1,4-galactanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS6]  33.95 
 
 		 369 aa  169  1e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0903691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2125  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.61 
 
 		 364 aa  164  3e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.825854 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1334  glycosyl hydrolase 53 protein  30.65 
 
 		 480 aa  158  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2827  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.89 
 
 		 650 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000305574  hitchhiker  0.00171331 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03928  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.27 
 
 		 181 aa  113  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4081  glycosyl hydrolase 53 protein  36.84 
 
 		 272 aa  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>