40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2827 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2827  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  100 
 
 		 650 aa  1347    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000305574  hitchhiker  0.00171331 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1480  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  47.65 
 
 		 492 aa  350  4e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0683  sigma-70 factor  34.63 
 
 		 397 aa  260  5.0000000000000005e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481968  hitchhiker  0.000000266294 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1617  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.15 
 
 		 606 aa  162  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0588913  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1555  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.15 
 
 		 612 aa  162  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.428291  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0857  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.95 
 
 		 619 aa  160  5e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04100  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.04 
 
 		 557 aa  156  1e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2961  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.17 
 
 		 405 aa  154  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00892323  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1318  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.41 
 
 		 405 aa  153  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00527191  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1279  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.21 
 
 		 399 aa  152  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000518384  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0385  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  28.68 
 
 		 732 aa  149  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.677811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0917  glycosy hydrolase family protein  29.92 
 
 		 400 aa  149  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3886  glycosy hydrolase family protein  29.92 
 
 		 400 aa  149  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.371175 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0972  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.92 
 
 		 400 aa  149  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396202  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04110  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.66 
 
 		 399 aa  144  7e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6329  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.05 
 
 		 386 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2256  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.11 
 
 		 391 aa  139  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.020335 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6029  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.49 
 
 		 390 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0780998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1159  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.45 
 
 		 373 aa  134  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601771 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3290  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.24 
 
 		 387 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4875  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.24 
 
 		 387 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2047  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.25 
 
 		 377 aa  128  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074716  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  28.53 
 
 		 476 aa  127  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05727  Endo-beta-1,4-galactanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS6]  29.38 
 
 		 369 aa  125  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0903691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.65 
 
 		 507 aa  124  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3080  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.41 
 
 		 777 aa  124  5e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6169  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.68 
 
 		 342 aa  124  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14870  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.41 
 
 		 916 aa  123  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.44593  normal  0.0967933 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.38 
 
 		 507 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1003  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  25.14 
 
 		 897 aa  121  3e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.629221  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1066  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.41 
 
 		 412 aa  119  1.9999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.980933  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03980  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.91 
 
 		 566 aa  118  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1400  glycosyl hydrolase 53  25.19 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195161  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2123  glycosyl hydrolase 53 domain protein  25.07 
 
 		 425 aa  111  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.052262  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4081  glycosyl hydrolase 53 protein  32.64 
 
 		 272 aa  111  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6460  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.73 
 
 		 347 aa  110  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  24.05 
 
 		 514 aa  105  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2125  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  26.71 
 
 		 364 aa  102  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.825854 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1334  glycosyl hydrolase 53 protein  26.67 
 
 		 480 aa  89  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03928  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.2 
 
 		 181 aa  78.2  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>