40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6169 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6169  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  100 
 
 
342 aa  714    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1400  glycosyl hydrolase 53  53.96 
 
 
415 aa  380  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195161  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2123  glycosyl hydrolase 53 domain protein  51.23 
 
 
425 aa  348  7e-95  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.052262  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  51.61 
 
 
476 aa  330  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6460  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  43.77 
 
 
347 aa  280  3e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2125  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42.99 
 
 
364 aa  263  4e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.825854 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.91 
 
 
514 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42.07 
 
 
507 aa  248  8e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42.71 
 
 
507 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2961  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.22 
 
 
405 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00892323  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4875  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.84 
 
 
387 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3290  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.84 
 
 
387 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0917  glycosy hydrolase family protein  34.84 
 
 
400 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0972  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.84 
 
 
400 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396202  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3886  glycosy hydrolase family protein  34.84 
 
 
400 aa  222  6e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.371175 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6029  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.61 
 
 
390 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0780998  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1555  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.24 
 
 
612 aa  220  3e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.428291  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1617  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.96 
 
 
606 aa  219  6e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0588913  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6329  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.21 
 
 
386 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1279  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.18 
 
 
399 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000518384  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1318  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.83 
 
 
405 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00527191  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04100  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.47 
 
 
557 aa  202  9e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0857  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.99 
 
 
619 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03928  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  51.76 
 
 
181 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1159  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.54 
 
 
373 aa  176  7e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0601771 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2047  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.79 
 
 
377 aa  175  9e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074716  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04110  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.5 
 
 
399 aa  174  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2256  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.82 
 
 
391 aa  170  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.020335 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05727  Endo-beta-1,4-galactanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS6]  34.22 
 
 
369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0903691  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1066  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  28.99 
 
 
412 aa  160  4e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.980933  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03980  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.2 
 
 
566 aa  159  7e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0385  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  29.45 
 
 
732 aa  152  8e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.677811  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1003  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.66 
 
 
897 aa  149  8e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.629221  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3080  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.68 
 
 
777 aa  140  3e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0683  sigma-70 factor  30.09 
 
 
397 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481968  hitchhiker  0.000000266294 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1480  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.07 
 
 
492 aa  135  9e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14870  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  29.03 
 
 
916 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.44593  normal  0.0967933 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2827  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.98 
 
 
650 aa  122  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000305574  hitchhiker  0.00171331 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1334  glycosyl hydrolase 53 protein  31.74 
 
 
480 aa  120  3.9999999999999996e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03929  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.9 
 
 
77 aa  55.5  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>